2ヶ月前にトライしてテクスチャ設定が上手くいかず、諦めてました...
blender2.71になって再チャレンジして、すっきりしたのでそのメモです
※ 2.72以降では こちら を参考にして下さい！
まず、blenderには2種類のFBXインポーターがあります
（１）blender標準のFBXインポーター
（２）アドオンのFBXインポーター（Windowsのみ）
→ 2.71では上手く動かなかったので2.70で検証
（１）の場合
・インポートするとなぜか顔が落ちてるので、再配置する
落ちてるパーツは、この設定にすれば正しい位置に置かれます！
・テクスチャの紐付けは、以下のように設定
・インポート後になぜかボーンが消える
つぶやいてたら親切なblenderマスターが教えてくれました
（２）の場合
現状はblender2.72を待つか、FBXアドオンで1つずつテクスチャ設定のどちらかですね
そうすればメッシュの改変やオリジナルアニメーション作ったりできます
メッシュとテクスチャをいじるとこんなかんじにできたり
ちなみにblender2.71でFBXが強化されたのは、エクスポーターの方です。
インポーターは相変わらずバイナリFBX読み込めませんエラー出ました
Blender2.71でのゲーム開発支援他にもチャレンジしてる方がいました
Blenderでユニティちゃんを読み込む