これは以前から言われてきたのですが、今、RPGツクールMVで作られたゲームをプレイする時には（例えばウィンドウズで使えるX360コントローラーの様な）「Xinput」規格のコントローラーでないとまともにゲームがプレイできない状況が続いているようです。
ただそこで問題になってくるのが昔のコントローラー、例えばウィンドウズXPで普通に使えていた「DirectInput」規格のコントローラーだと、ゲームがプレイできないどころか、ゲーム自体が誤動作してしまう場合もあるようです。
そして私の場合はXBOX360のコントローラーしかもっていないので確認のしようが無いのですが、もしこの「DirectInput」規格のコントローラーをPCに指したままツクールMVでゲームを作りながら試しにプレイを・・・なんて時ですらも、なにやら誤動作する場合もあるようなのでMVでゲームを作ってる時でも気をつけておいた方がいいらしいです。
しかし、これらの話は作り手側の話なんですが、作り手でなくゲームをプレイしてくれる人に対して、「Xinput」規格のコントローラーでしかプレイできません。というのはちょっと気持ち的に申し訳ない気もしています。
ただしこの話はプラグインでどうにかなる問題でも無さそうなので、公式でバージョンアップとかで対応してもらえたら嬉しいのですが、公式ではこういった話を聞いた事が無いので今しばらくはこの状況が続きそうですね。