未解決伏線・未解明の謎一覧
※2020年97巻現在。作者により伏線と明言されている場合は★と付記。
勿論『名探偵コナン』は難解な漫画なので、以下に挙げられているもの以外にも作者の構想内に存在している可能性がある。
○メイン
・組織の目的 ・組織の正式名称 ・あの方と同一人物である烏丸の正体 ・組織が半世紀前から進めている極秘プロジェクト
・あの方とベルモットの関係 ★・灰原とジンの関係 ・ベルモットが組織を潰す目途
○10巻代
・灰原の指摘「コナンは既に組織に深く関わってしまっている」の真意（19巻）
○20巻代
・灰原発言「時の流れに人は逆らえない。逆らおうとすると人は罰をうける」の「罰」の意味（20巻）
・コナン発言「なあ…お前ひょっとして組織にいた頃…」の続き（24巻）
・（灰原脱走後の組織編の初期において）灰原の行動が組織に読まれ過ぎていた理由(24巻)
★・博士邸にあった焼け焦げたMO(25巻)
・灰原は薬のデータのMOを持っていると思われるのに「薬のデータが無い」とコナンに言う理由 （25巻）
★・人魚島の「宮野志保」「魚塚三郎」「黒澤陣」(28巻)
○30巻代
・女王のような喋り方をする高飛車な女(ベルモットと確定)と猫(37、39巻)
・板倉が開発中だったソフト(37巻)
・灰原発言「組織の薬は殆どの人間にはその価値を見出せない愚かしい代物」(38巻)
○40巻代
・灰原の両親が20年前出島デザイン事務所を訪れた理由
・灰原の両親は現在も存命か否か
・ベルモットが歳を取らないとされているが、その理由
・ベルモットが幼児化を隠す理由
・ベルモットが宮野夫妻を恨んでいる理由
・ベルモットが長い間待ち望んでいた銀の弾丸
・ベルモットが帝丹小で灰原を見つけられなかった理由(45巻)
・「倉吉」に対する灰原の反応 (45巻)
○50巻代
・宮野明美が赤井に送ったメールのP.S.の続き(58巻)
・ジンがなぜそこまでと疑問に思う程、あの方が赤井を恐れている理由
・外部に公表されていないはずの外国人タレントプロダクション社長殺人事件をジンが知っていた理由(58巻)
○60巻代
・蘭が服部のお守りに工藤新一の指紋がついていたことに疑問を抱いたこと(66巻)
・ジョディに「逃げろ！このエリアは危険だ！」と記されたコースターを残した人物とその目的（67巻）
○70巻代
・「探偵たちの夜想曲」ラストシーンの3人それぞれの通話の相手(76巻)
・ベルモットが板倉に発注したソフトの中身（=板倉が組織の脅迫により作らされていたソフトと同一か、それとも否か）（78巻）
・シャロンと板倉が犬猿の仲だった理由（78巻）
・灰原の両親が作っていた薬「銀の弾丸」（78巻）
・灰原の両親が薬の完成のために灰原と別れなければならなかった理由（78巻）
○80巻代
・赤井、世良、宮野、羽田家の家系図
・バーボンとベルモットの契約の中身
・真純の一連の発言(「やっぱ僕悪い子だな」など)
・作者の「今後とある2人の母親同士が姉妹と判明する」との発言はエレーナとメアリーで確定か
・作者の「今現在組織の内部ではかなり大変なことが起きている」発言の意味
・（零の回想シーンの後）エレーナはどこへ行ったのか（84巻）
・コナンへの零の発言「大きな誤解をしているようだ。」の真意（84巻）
・浩司はどのような接点を以て組織と関わっているのか
・組織員が知ったら驚くベルモットの秘密 (85巻)
(零「組織が知ったら驚くでしょうね…あなたがボスの…」)
・ＲＵＭ、スコッチ、領域外の妹、ボスの側近であるラム、浅香の正体
・黒田管理官と組織についての関係 (86巻)
・投与者リストは殺害順ではないこと
・灰原が焼け残った資料を元にAPTX4869を復元したこと
・灰原の作っていた薬は (APTX4869とは) 別の薬なこと
〇90巻代
・羽田浩司事件の真相（アナグラム等）
・作者発言「死んでいるとされているのに実は生きているキャラがいる 」
・浩司の事件の情報をネットにアップ・削除しているのは誰か
・務武は浩司の事件にどのように関わったのか
・メアリーとジンの言い回し（「暗がりに鬼を繋ぐが如く…」）が同じ理由
・若狭、黒田の正体
・赤井務武の生死
・黒田と若狭の関係、キャンプ場で睨みあっていた理由
・若狭が持っている将棋の駒（角行）の意味
・なぜ若狭が投与者リストを持っているのか
・あの方（＝烏丸）の現状
・工藤邸での赤井、安室、優作、有希子のお茶会の内容
○伏線の可能性がある描写一覧
・26巻の学園祭の事件解決後に、新一は肩から煙を出し気絶したのに、なぜ幼児化しなかったのか。
・ベルモットがジョディの父を殺した理由は彼がシャロンの調査をしていて、ベルモットが証拠隠滅したかったからだが、他にも何か明かされるのか否か。
・安室がキャメルに唐突に呼びかけた「ドイツ系の君」発言の真意（84巻）
・ベルモットが42巻でカルバドスと通話していた時空港にいた理由
・ベルモットの「エンジェルは私に振り向いてくれなかった」発言
・シャロンが蘭に渡した白いハンカチ
・怪盗キッドと新一が似ている理由
・宮野エレーナの旧姓は明かされるのか否か
・ジェイムズが「世良は女だ」と見破れたことの深い意味の有無（74巻）
・「組織の製薬に関わるなど組織内での地位が低いようには思えない宮野夫妻」にコードネームが与えられていないのは偶然かそれとも深い意味があるのか
・ジョディ・スターリングの本名（証人保護プログラムを受けているので今の名前は仮名である。）
・シェリー、ジン、ベルモット間に三角関係があったことを暗示する描写
・黒ずくめの組織と名古屋駅に関係はあるのかないのか
・桜大会でバーボンとベルモットがジョディの盗聴に用いた録音機の再生にノイズがあった理由
・世良とイギリスの関係
・黒の組織とドイツの関係
・工藤邸にあった女の長い髪の持ち主は有希子で確定なのか否か
・有希子がコナンを灰原に変装させるのが上手かったことに深い理由があるのか否か
・ベルモットに証人保護プログラムは関係しているのか
・作中に頻出する格言「不可能なものを除外していって最後に残ったものがどんなに信じられなくてもそれが真実」の真意