5 合意の手続
（1）概要
民法の特例合意は、前述の通り推定相続人全員が書面により合意をすることが必要ですが、合意をしただけでは効力は発生しません。後継者は、合意の時から1ヶ月以内に、経済産業大臣に対し確認申請を行う必要があり（中小企業円滑化法7条1項）、確認が得られた後1ヶ月以内に家庭裁判所へ許可の申立てをし、家庭裁判所からの許可を得られてはじめて合意に効力が認められます（中小企業円滑化法8条1項）。
ここでは、各手続の流れや、必要書類等について、詳しく説明することにします。
（2）経済産業大臣の確認
民法の特例合意をした後継者は、次のいずれの事項にも該当することについて、経済産業大臣の確認を受けることになります（中小企業円滑化法7条）。
（ⅰ）当該合意が当該特例中小企業者の経営の承継の円滑化を図るためにされたものであること。
（ⅱ）申請をした者が当該合意をした日において後継者であったこと。
（ⅲ）当該合意をした日において、当該後継者が所有する当該特例中小企業者の株式等のうち当該合意の対象とした株式等を除いたものに係る議決権の数が総株主または総社員の議決権の100分の50以下の数であったこと。
（ⅳ）後継者以外の推定相続人がとることができる措置に関する定めをしていること。
経済産業大臣は、上記要件に該当することの確認が取れた場合には、申請者に確認書を交付することとされています（中小企業円滑化法施行規則5条）。
ア 確認申請の方法
経済産業大臣への確認申請は、後継者が単独で行うこととされ、推定相続人全員で行う必要はありません。また、後継者が死亡した場合に、その相続人がこの申請を行うことはできないとされています（中小企業円滑化法施行規則3条4項）。
後継者は、経済産業大臣に対して、所定の申請書とその写しおよび必要書類の写しを各2通提出する必要があります（同条3項）。提出先は、原則として、経済産業省本省（中小企業庁財務課）とされていますが、各地方経済産業局に提出することも可能です。
イ 必要書類
申請に際して、所定の申請書を経済産業大臣に対して提出することになります。書式は、次のホームページに記載があります。
http://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/2008/download/080905zigyou_shi2.pdf
また、申請に際して、経済産業大臣に提出するべき書類は、次の通りです。
当事者全員の署名または記名押印のある合意に関する書面（中小企業円滑化法7条2項1号イ） |
当該中小企業の経営の円滑化を図るために当事者全員が合意をした旨の記載があり、かつ、当事者全員の署名または記名押印のある書面（同号ロ） |
固定合意をした場合には、弁護士等が作成した合意時の価格証明書（同項2号） |
合意書面に押印がある場合には、確認申請より3か月以内に取得した印鑑証明書（中小企業円滑化法施行規則3条2項1号） |
合意当時における会社の定款の写し（同項2号） |
確認申請より3か月前に取得した登記事項証明書（同項3号） |
合意当時の会社の従業員数を証明する書類（同項4号） |
特例中小企業者の合意日の属する事業年度の直前の三事業年度の貸借対照表、損益計算書及び事業報告書（同項5号） |
特例中小企業者が上場会社等に該当しない旨の誓約書（同項6号） |
特例中小企業者が農地法に規定する農業生産法人である場合にあっては、合意日において農業生産法人である旨の農業委員会の証明書（同項7号） |
旧代表者が合意日において特例中小企業者の代表者でない場合にあっては、旧代表者が当該特例中小企業者の代表者であった旨の記載のある登記事項証明書（同項8号） |
合意日における旧代表者のすべての推定相続人（被相続人の兄弟姉妹及びこれらの者の子以外のものに限る。）を明らかにする戸籍謄本等（同項9号） |
特例中小企業者が株式会社である場合にあっては、合意日における株主名簿の写し（同項10号） |
その他、経済産業大臣の確認のために参考となる書類（同項11号） |
ウ 不服申立方法
経済産業大臣の確認が認められないような場合、後継者は、経済産業大臣に対し、処分があつたことを知つた日の翌日から60日以内に不服申立書の提出をすることで異議を申し立てることができます（行政不服審査法45条）。