大きく分けて３つ（歴史認識を分ければ４つ）のフェーズに分かれると思います。
国防、経済、文化など民族摩擦の３つです。
国防は日中関係＞中韓関係＞日韓関係となります。
ご存じのように中国は沖縄や台湾のシーレーンを狙っており、
もし行動をおこされたら人的被害は無人島である竹島の比ではありません。
チベットをみても分かる通り中国人は容赦をしませんので、日韓ともに脅威になります。
その点、韓国は戦力は大したことなく、寧ろ西側の一員で当面は協調関係を築けます。
経済は日韓関係＞中韓関係＞日中関係となります。
日中関係は経済で競合することなく、寧ろ互いに補完の関係で必要な存在です。
ところが韓国は日韓とも日中とも競合するのです。
理由は韓国が他国の経済モデルを模倣する（パクル）ためですが、
日本は液晶テレビやメモリで消耗戦を強いられたのは記憶に新しいところです。
民族摩擦では中韓関係＞日韓関係＞日中関係となります。
韓中ともに日本に激しい反日国家で知られていますが、
他の方も述べていられるように韓国は理性が乏しいため
中国でも嫌いな国の一位が日本を逆転して韓国が一位に来てしまいました。
一方、日本の方はそんなに騒ぎ立てる民族でもないため、中国では改善の傾向があります。
以上述べて来ましたが、視点が変われば順位も入れ替わります。
例えば日本では韓国の反日は極力放送しない偏向報道をするため、
日本人の中には日韓関係は良好と勘違いしている者もいます。
■引用元：
・教えて！goo：日中、日韓、中韓関係を悪い順に並べると？
http://d.hatena.ne.jp/keyword/6%A5%AB%B9%F1%B6%A8%B5%C4