安全な畜産物の生産には生産段階（農場）から衛生管理が欠かせません。そのため今日の日本では法律やシステムにより衛生管理、その安全性を確保しています。
まずは法律について述べます。
最初は飼料安全法です。これは飼料を対象とした法律です。農林水産消費安全技術センターが飼料の立ち入り検査や分析鑑定が行うことで衛生管理、飼料の安全性を確保しています。
次は食品安全法です。これはフードチェーンを対象とした（HACCPの導入）法律です。農場は工場等とは異なり、開放系で微生物の完全排除が困難です。そのため農場では独自HACCPを導入する必要があります。「農場HACCP」を導入することで衛生管理、農場での安全性を確保しています。
最後は食品衛生法です。これは残留農薬を対象とした法律です。主な制度として以下の2制度があります。一つ目はポジティブリスト制度です。これにより新規農薬に対して即座対応できるようになりました。二つ目はポストハーベスト農薬規制です。これにより防かび剤などの収穫後農薬を規制できるようになりました。以上の2制度により衛生管理、食品の安全性を確保しています。
次に農場HACCPについて述べます。
これは継続的な改善を目標としたもので、7つの原則が設けられています。「リスクの発見、対処法の準備、マニュアル化、」がおおよその流れで、詳細は動物種ごとに決められます。このHACCPの認証により食の安全性や生産性の向上はもちろん、動物の健全な生産も期待できます。