出願が滞りなく済めば、いよいよ試験勉強です。

農学生命科学研究科では、一次試験と二次試験に合格する必要があります。

一次に受からないと二次は受けられませんので、まずは一次試験を通らないといけません。
(当たり前ですが(>_<))

一次試験は専門と英語に関する試験です。

専門に関しては、過去問を解くことが一番だと思います。
逆に、過去問に頼らないと範囲が広すぎて対処しようがありません。
http://www.a.u-tokyo.ac.jp/grad/applicants.html
http://www.a.u-tokyo.ac.jp/grad/kakomon2017.pdf
こちらに過去問の入手方法について案内があります。郵送でも買うことができます。

私の場合、社会人なので買える分、過去10年分を一気買いしました。

なお、一般教育科目の試験問題も付随する専攻がありますが、実際の試験では、社会人博士課程受験者は、一般教育科目を受ける必要がありません。
専門に特化して学習しましょう。