夜、三人の男が暗号を解いて謎に挑むが日本刀で惨殺、都合、５人が全国で殺害、盗賊団ゲンジボタルのメンバー、メンバーは義経の家来達の名を名乗る 警視庁では捜査会議 高校生探偵・服部平次、明智父娘とコナン一行はそれぞれ犯行があった京都へ そして寺に案内、その寺では秘仏の一体が盗難、そして匿名の手紙 服部は女将を襲う泥棒を追い払う 匿名の手紙の謎の絵 五條の橋の上でコナンと服部が再会、服部は大阪で殺害されたタコ焼き屋のおっちゃんの敵を打ちたいと 服部は父親が警察の要職に 義経と弁慶ゆかりの場所を回る二人、捜査に携わる綾野小路刑事に素人は関わるなと嗜められる 桜並木の道を行く二人 平次は八年前、京都を探査している時、失神させられる 堂内で目覚めると外で手鞠歌を歌う女の子の姿、それが初恋の相手 京都巡りをしていると何者かが矢で射ようとする、気付き、危ない、とコナン、平次に 矢は外し、犯人はバイクで逃走、平次はコナンを載せてバイクで追いかけるが見失う 服部とコナンは寺へ 蘭達と合流 毛利らは舞子のいる料亭へ 蘭達や服部・コナンも合流 料亭からは鴨川が見える 綾野小路は川を捜査 コナンは蘭との思い出を服部に 納戸で休息していた桜が殺害 コナンは犯人はこの仲間にいる、と推理 桜もゲンジボタルの一味だと判る 一同は捜査会議 毛利は外部犯と結論 平次と彼女はバイク、矢が襲う バイクを降り平次は翁の面をした犯人と対決 彼女がピックで犯人を撃退 平次は入院 集まる 平次は病院を抜け出し捜査、コナンも一緒 先の宴会の仲間の所にアリバイを聞きに 平次に連絡、桜の殺害犯と同一と警察から 博士や子供達とも再会 発信機付きのバッチで仲間同士連絡 三人の殺害現場にあった防寒具、目黒警部は形見分けと気付く コナンは手鞠歌と謎の絵の謎に気付く 山能寺からゲンジボタルの一味は八年前、仏像を盗むが寺に隠す 首領は病死、隠し場所を見付けた者を後継者に指名、そして資金欲しさに犯行を重ねたとコナンは推理、突然、平次に電話、恋人を誘拐したから水晶玉と仏像を渡せば釈放する、と。平次は指定の会った寺へ 平次は犯人は西条、言葉や動作で弓をやっている事を見抜く、西条は廃れた弓の流派を復活して修業、弟子達を集める、仏像の売却資金は廃寺を再興し道場にする予定だった コナンは工藤に一時的に戻り姿を現す だが工藤は風邪で重病の状態 平次が代わりに戦う 工藤はふらふらの状態で蘭と再会 尤もコナンに戻ってしまう 平次は追い詰められ堂内に隠れる 中には弁慶の刀、沢山引き出しがあるが刀のありかは手鞠歌通り 平次は西条と戦うが追い詰められる コナン登場、西条を攻撃、弓を引き付け、廃寺に焚火を投げ廃寺は燃える 平次は西条と戦い破る 火事で綾野小路刑事らが駆け付ける 一網打尽 その後、この廃寺の中にある仏像をコナンは平次を連れて見付ける そして平次は水晶玉を額に戻し寺に戻す 新幹線のホーム、平次は寺で見た初恋の女の子が今の彼女だと彼女の話から気付く、だが目の前の彼女には秘密 また蘭が会った真一が本当にいたとコナンと平次の話から確認