りんね（松本麗世）らとつかの間の正月気分を楽しんでいた宝太郎（本島純政）だったが、グリオン（鎌苅健太）が生み出した新たなマルガム、ムーンマルガムが出現した。人々を黒い影の中に放り込むムーンマルガムの前で宝太郎はガッチャードに変身。しかし、前回のオロチマルガム同様の強さに窮地に追い込まれてしまう。そこへオレンジ色のガッチャード、ガッチャードデイブレイク（声・DAIGO）が出現。みごとな攻撃で形成を逆転すると、ムーンマルガムは逃走する。いったいデイブレイクは何者なのか？ 変身を解除した宝太郎の投げかける問いにもデイブレイクは「選択肢は二つだけ。未来を受け入れるか、抗うか」と謎めいた言葉を残す。そのころスパナ（藤林泰也）は空腹で倒れた鏡花（福田沙紀）の世話に追われていた。鏡花は身寄りのないスパナを助け、超A級錬金術師に育て上げた“師匠”。そのスパナを使い錬金連合が隠蔽する事件を調べさせ、さらにりんねの父・風雅（石丸幹二）が裏切り者ではないことを証明するためにりんねの監視も依頼していた。自身の目的のためにスパナを巻き込んでしまったと自省する鏡花だが、スパナは自分の意志でやっていることと否定。多くの錬金術師が犠牲になった“10年前の事件”の首謀者を必ず突き止め、鏡花への恩を返すと力強く宣言する。宝太郎はムーンマルガムを捜索するりんねらと合流すると、ムーンマルガムをおびき出すことに成功する。宝太郎はスーパーガッチャードクロスユーフォーエックスに変身、囚われた人たちを解放するが、今度はりんねらが影の中に取り込まれそうになってしまう。そこへガッチャードデイブレイクが出現。りんねらを救うとムーンマルガムを攻撃。その姿に「俺だって」とガッチャードはクロスエックスレックスにチェンジ。ライダーキックでネミネムーンを撃破する。が、爆破したと思われたネミネムーンは再生、巻き返しを誓いその場から去っていく。危機を脱した宝太郎らだったが、今度はミナト（熊木陸斗）が現れ、スパナ、そして宝太郎ら生徒全員の指輪の返還を要求する。同時に宝太郎らの記憶を消去、錬金アカデミーは閉校し今後のケミーの回収はなんと冥黒の三姉妹が担当するという。なぜ突然…！嘆き悲しむ宝太郎を「残念だ」と突き放すミナトにスパナは怒りも露わに立ち向かうと、ミナトは仮面ライダードレッドに変身。あっという間にヴァルバラドを倒し、マッドウィールなどのカードを奪ってしまう。
「どうして、なんでなんだよ、ミナト先生！」宝太郎の悲鳴も届かず、なんとかミナトと冥黒の三姉妹の前から逃走した宝太郎たち。その様子を錬金アカデミーのモニター越しに、グリオンが冷ややかな眼差しで確認していた。次回もお楽しみに
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