携帯電話業界の仕組みがちょっと分かりにくいかと思います。
基本的に、auショップは販売店なので、auとは別の会社が運営していることがほとんどです。
KDDIが通信回線の運営を行なっているため、今回の大規模通信障害に対してご意見を述べたい場合は、KDDIにいうのが筋。
auショップでは携帯電話の販売・回線開通が主なので、正直、auショップに通信障害のご意見を述べに行くのは、お門違いもいいところなので、ご注意ください。
＊これは、docomoとdocomoショップも同じくです。
また、MVNOで格安スマホを利用している場合、auやdocomoの回線を借りてサービスを提供しているので、通信障害の規模によるかと思いますが、影響を受けます。docomo回線が落ちた時は、私もdocomoのMVNOを使ってたので通信できずに不便でした。
最近のiPhoneは、 デュアルSIMといって2つのSIMをさせます。プランをよくご検討の上、別々の回線契約を考えた方がいいかもしれませんね。