2000年-2011年までの、キー局(テレ東、フジテレビ、TBS、日テレ、テレ朝)と関東圏独立UHF局(TOKYO MX、チバテレなど)における深夜アニメ放送数を集計しました。
(出所:wikipedia「深夜アニメ一覧」 http://bit.ly/gx9slq )
2000年から2011年までの深夜アニメの推移です。
2000年:7本 2001年:20本 2002年:23本 2003年:41本 2004年:60本 2005年:62本
2006年:93本 2007年:75本 2008年:81本 2009年:69本 2010年:57本 2011年:66本

図1 深夜アニメ放送数(年別)
2000年では、7本だったものが、2006年には、94本まで増加しています。たった6年で、約13倍にまで増加しています。すごいですね。2006年といえば、涼宮ハルヒの憂鬱が放送された年です。2006年のアニメ数の多さは、ハルヒフィーバーによるものだと感じています。ハルヒを作った京アニが注目され出したのも、この年。深夜アニメにとって、2006年は、とても重要な年なんだなぁと、感じました。その後は、2006年をピークに減少傾向となっています。これは、過渡期が過ぎて、淘汰されてきたのではないかと考えています。2011年は、2009年の水準に回復しました。本数が多ければいいとは限りませんが、本数の増加は、個人的には嬉しいです。
図2は、キー局、UHF局別での、深夜アニメ放送数です。

図2 深夜アニメ放送数(放送局別)
深夜アニメの急激な増加は、UHF局が、大いに貢献していることが分かります。2011年の本数の回復にも大いに貢献しています。
UHF局は、放送エリアがキー局よりも狭いため、キー局よりも放送料がかからず、その分放送しやすいことが、UHF局での放送の急激な増加の原因であると考えられます。
キー局では、2011年、「ノイタミナ」好調のフジがトップになり、テレ東がトップの座からついに陥落。
フジは、「ノイタミナ」が2010年4月から、30分×2枠になり、よりアニメに本腰を入れてきた印象があります。
テレ東は、2010年は、「アニメノチカラ」という枠があったのですが、いつの間にか消滅してました。2011年は、テレ東は慎重になったのでしょうか。
フジにも水曜に、「NOISE」枠というのがあったのですが、それも消滅したことを思い出しました。
TBSとテレ東が2位、その次に、日テレ。
テレ朝は、2004-2006年はキー局2位でしたが、その後は減少し、近年では、ほぼ深夜アニメを放送していません。テレ朝は、深夜アニメが嫌いなんでしょうか?(テレ朝は、金曜ゴールデンタイム、日曜朝アニメに注力してるからかな?)
ここのグラフにはありませんが、近年、MBS、ytv(準キー局)がアニメの本数を増やしています。
MBS、ytvは、「アニメミライ」というプロジェクトにも参加しており、「キー局には負けないぞ」というような姿勢が伝わってきます。