※まだ見てない人は注意！ネタバレです。
リンカーンを拘束中のマホーンと解放を求め交渉中のスコフィールド、マホーンに「兄の命が惜しくないのか！」と言われ彼らがいる倉庫に行くことを決意。
一方スコフィールド達の脱獄を助けたとして公判中のサラ、罪を認めて模範囚だとしても９年は出てこれないと弁護士に言われ落胆しているサラの元に証人として、ケラーマンが現れた。
彼は自分は政府の人間なので国を裏切れば殺されるとわかっていると言う、それでもサラに有利な発言をする。
「今まで愛国心と忠誠心、正義のためと思っていたことが、結果人々を不幸にしてしまった」
ここまでの政府の陰謀を説明するケラーマン
「命令はすべてレイノルズ副大統領から出された、偽の証拠をでっち上げリンカーンを駐車場に誘い出し、彼が殺害したかのように見せかけた」
「無実の罪を着せました」
「これがザ・カンパニーの仕事です」
弁護士がなぜサラが逃亡する必要があったのかと問う。
彼は「彼女は自分の命に危険を感じた、なぜなら私が彼女を殺そうとしていたから」
法廷はケラーマンの発言は確証されるとし、サラの告訴再検討を提案。当然これ以上言えることがない検察側は告訴取り下げ、見事にサラの無実が決まった。
しかし検察は今度はケラーマンを告訴すると言う。手錠をはめられるケラーマン。
マホーンの携帯が鳴る、相手はキム。「兄弟を捕まえたらこの目で見たいから、場所を教えろ」
マホーンは「ならすぐ飛行機に乗れ、もうすぐ捕まえる、すべて終わりだ」
それを横で聞き、やっぱり裏切るのか腐っていると思うリンカーン。
裁判所のサラ、ニュースキャスターがサラの無実が政府の者によって証明され、リンカーンの無実が完全に証明されたとカメラに向かってレポート。
それを聞いてすぐにマイケルに電話するがマイケルは何かさきほどの少年と話していて、携帯には気付いていない。
そんな彼を止めるため、彼女はパナマに行くことを決意。
停車中のリムジンの中で無口の要人と話しているキム。その要人は紙を使って”SONA”と書かれた紙を見せる。一人だけでいいと更に書く。
リムジンから出ようとした時に、その要人から腕を掴まれ、何かを感じとった様子のキム。
マホーンが携帯で恋人のもとに電話をかけ
「僕と一緒に住もう、今はもう二人で暮らすことができるんだよ」
彼女は気持ちの整理がしたいと告げ、電話を切る。
マリークルーズをべリックに監禁され、そのことで頭が一杯のスクレ、必死の思いで病院を抜け出す。そのまま公衆電話へ向かいベリックの行方を捜す。
そんなべリックは売春婦殺害の容疑で拘留中、するとそこにT-Bagが捕まってきた。
さっきの少年はクルーザーの中へ、マイケルも一緒だ。どうやらこのクルーザーに乗っているのは犯罪組織のボスのようだ、彼は少年に「刑事を連れてきたのか！」と怒鳴り、マイケルに銃を突きつけ殺そうとする。
そこでマイケル・スコフィールドで検索させ、自分に懸賞金がかけられていることを知らせる。その懸賞金よりも多く金が欲しくないか？と話を持ち出す。
マイケルを待つマホーンとリンカーン、「もし俺がお前の立場なら彼女に電話し、俺という存在を忘れてくれ電話する」「もうあきらめるんだ、絶対に上手くいくわけがない」
しかしマホーンは「俺には手段がある」
べリックとT-Bag、「脱獄犯の中で、いや人の中でお前を一番ブチのめしてやりたかったぜ」
「やってみろよ？」
「できるんだったら、そうしたいとこだ」「そのシャム猫の笑顔は俺に殺意を抱かせるな」
「シャムじゃねぇ、チャシャだ、チャシャの笑顔だ」
そんな険悪ムードの中看守が来て、ベリックに出るように伝える。
ベリックは釈放かと喜ぶ。しかし手錠を再びはめられて看守に「Bueno Suerte」と言われる。
ベリックがいる拘留所を目指すスクレ。そして拘留所の前でベリックを発見。しかしベリックは囚人輸送車に乗せられてしまう。スクレが「マリクルーズはどこにいるんだ？」
「知りたかったら俺を解放しろ」そのまま走り去っていってしまった、スクレは力尽きるように道に寝転がる。
ようやく倉庫にやってきたマイケル、兄を解放するよう言うが、マホーンは応じない。
それどころか今から来る金が兄弟に撃たれたかのように見せかけるように地元警察に通報した。
「なんでこんなことをするんだ」と問うマイケルに「俺は自由になれるからだ、それが望みだ、ついでに金もだ」
そこにキムが現れる。もう彼は裏切りに気付いてる様子、マホーンがキムに銃を向ける、と同時にキムの部下が２名入ってくる。銃撃戦になり、マイケルとリンカーンは逃げる。
マホーンはキムの部下を殺し、サイレンの音が鳴り響く中、マイケルが乗ってきたヨットに乗り逃げる。
ケラーマンは護送車に乗せられ、もう全てを感じとっている様子。
運転手が「あーくそ、エンジンの調子が悪い」「橋の下に行って見てみよう」
そして運転手は車を止める。
「フランスではナチスに殺される時、笑顔でいるのが名誉とされた」と言うケラーマン、監視員は私語は禁止だと言う。
するといきなりバンの扉が開く、そこにはショットガンを持った覆面男たちが立っていて、ケラーマンは「やあ、遅かったね」と言う。
男たちは無言のまま、ショットガンをバンの中に撃ちつくす。
どうにか逃げてきたマホーンだが、停泊している船に戻ると警察が数人いる。そこからはマイケルが犯罪組織のボスから買ったコカインが見つかってしまう。俺はやっていないと繰り返すが、ここはパナマ。当然話を聞いてくれるわけがない、そして逮捕されてしまう。
一方こちらも逃げてきた兄弟、森をしばらく歩き、あの少年に会う。向かった先は川に停泊しているボート。しかもなんとサラがいる。
感動の再会を果たして彼ら、「僕らはやり遂げた」「あぁそうだな」「ついにやり遂げたんだ」
「いいや？」そこにはキムがいる。鳴り響く銃声、サラがキム撃ち殺した。
同時に警察がやってくる、リンカーンは逃げ切るがマイケルとサラは小屋の中に追い詰められる。
一緒に投降しようと言うマイケル、サラも了承して出て行く。
しかし出た瞬間にマイケルはサラを人質に取っているフリをし、マイケルだけが捕まる。私も罪を犯したの、私を逮捕してと言うが誰も聞いてはくれない。
捕まった人には一度だけ電話が許される、マホーンはその一本を愛しい人にかけた。
そして「僕という男を忘れてくれ、僕の存在をすべてを」そう告げて電話を切る。
リンカーンが町の警察署でサラは事情聴取をされ、解放されたと聞かされる。
人混みの中にサラを発見、名前を呼ぶが気付かない、それどころか一人の男がサラの後をつけている。
拘留中のT-Bagの元へ男が来る、そして「いつここから出れるんだ」と聞く。
予定が変わって出られないと言う男、「言われたとおり、マイケルを呼び寄せただろ！」そしてそのまま男は消える。
警察に殺人容疑で捕まったマイケルはSONAという刑務所に到着。その中は無法地帯化していて、先に運ばれていたのがベリックで服は半分ちぎれ、顔はアザだらけで、そうとうやられた模様。
さっきの無口の要人、今度は白衣を着ている。「将軍、ここはしゃべっても安全です。スコフィールドが捕まりました」
そして将軍は、そのまま関係者以外立ち入り禁止の扉を開け、中へ入っていく。
中は無法地帯の刑務所、そしてマイケルは奥の部屋に消えていく。
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