社内不倫とは言え、プライベートな問題でありこれをもって即懲戒というわけにはいきません。
とはいうものの社内の風紀が乱れることも考えられ、放置しておくわけにもいきません。
判例（旭川地判平元．１２．２７）に、妻子ある男性と不倫関係に陥った女性労働者が解雇された事件があります。
本件は、就業規則に「職場の風紀・秩序を乱した」者を懲戒とする規定があり、これに沿って女性に解雇通知書を渡して解雇を迫ったところ、女性が提訴したわけです。
判決は、「これが従業員の懲戒事由とされていることなどからして、債務者の企業運営に具体的な影響を与えるものに限ると解すべきところ、前記認定の債権者及びＡの地位、職務内容、交際の態様、会社の規模、業態等に照らしても、債権者とＡとの交際が債務者の職場の風紀・秩序を乱し、その企業運営に具体的な影響を与えたと一応認めるに足りる疎明はない。」として解雇を無効としました。
まずは配転などで職場秩序の回復を図ることが必要でしょう。
そして職場秩序が乱れたとしても、軽い処分（戒告・けん責など）ということになるでしょう。