被合併法人の株主に交付される新株などは、「資本の払い戻し」と「留保所得の配分」の2つの要素をがあり、このうちの留保所得の分配部分は配当とみなされることになります。
合併が一定の要件を満たしている適格合併なのか、その要件を満たしていない非適格合併なのかによって、税務上の取り扱いが大きく異なります。
非適格合併である場合は、被合併法人は合併法人から合併対価として新株などの交付を受け、これを直ちに被合併法人の株主に交付したものとされます。被合併法人の株主に交付される新株などは「資本の払い戻し」と「留保所得の配分」の2つの要素があります。このうち、留保所得の分配部分については、配当とみなされることになります。
そして配当とみなされる以上は、対価に金銭が含まれるかどうかにかかわらず、合併法人に源泉徴収の義務がうまれます。したがって、合併対価のうちに金銭が含まれていない場合は、後日該当する株主から税額を徴収する必要があります。実務上ではこのような煩雑さを回避するために、源泉徴収額相当額を合併交付金と して交付する場合が多いです。
自己株式として取得されることを予定して所得した株式が自己株式として取得されたときに発生するみなし配当につきましては、益金不算入制度の適用はないので、益金に算入されます。一方で、以下のような取引には、益金不算入制度が適用されることと決められています。
（１）完全支配関係がある発行法人への株式の譲渡損益の適用がある場合
（２）予定されていた事由に基因するとされない場合
自己株式として取得されることを予定して所得した株式が、自己株式として取得されたときに発生するみなし配当につきましては、益金不算入制度の適用がないので、益金に算入されます。
この「取得が予定されているもの」としまして、例を挙げると、公開買付けに関する広告がされているときや、組織再編成（反対株主の買取請求）が公表されているときが当てはまることになっています。そして法人税法基本通達3-1-8では、例を挙げると、上場会社等が自己の株式の公開買付けを行うときにおける公開買付け期間中に、法人が当該株式を取得したときの当該株式が当てはまるということになります。
一方で、以下のような取引には、益金不算入制度が適用されることと決められています。
（１）完全支配関係がある発行法人への株式の譲渡損益の適用がある場合
（２）予定されていた事由に基因するとされない場合
上記（１）につきましては、この規定の適用があるときは譲渡損益を計上しないことになり、租税回避の恐れがないためです。
上記（２）については、法人税法基本通達3-1-8注書きによりますと、法人が公開買付けを行っている会社をその公開買付け期間の間に取得したとき、当該株式についてその公開買付けによる買付けが行われなかったときは、みなし配当の金額があってときでも、当該配当等の額について受取配当等の益金不算入制度が適用されることになっています。
（１）完全支配関係がある発行法人への株式の譲渡損益の適用がある場合
（２）予定されていた事由に基因するとされない場合
自己株式として取得されることを予定して所得した株式が、自己株式として取得されたときに発生するみなし配当につきましては、益金不算入制度の適用がないので、益金に算入されます。
この「取得が予定されているもの」としまして、例を挙げると、公開買付けに関する広告がされているときや、組織再編成（反対株主の買取請求）が公表されているときが当てはまることになっています。そして法人税法基本通達3-1-8では、例を挙げると、上場会社等が自己の株式の公開買付けを行うときにおける公開買付け期間中に、法人が当該株式を取得したときの当該株式が当てはまるということになります。
一方で、以下のような取引には、益金不算入制度が適用されることと決められています。
（１）完全支配関係がある発行法人への株式の譲渡損益の適用がある場合
（２）予定されていた事由に基因するとされない場合
上記（１）につきましては、この規定の適用があるときは譲渡損益を計上しないことになり、租税回避の恐れがないためです。
上記（２）については、法人税法基本通達3-1-8注書きによりますと、法人が公開買付けを行っている会社をその公開買付け期間の間に取得したとき、当該株式についてその公開買付けによる買付けが行われなかったときは、みなし配当の金額があってときでも、当該配当等の額について受取配当等の益金不算入制度が適用されることになっています。
収用交換などの5千万円特別控除には、要件は初めに買取りなどの申し出のあった日から六か月を経た日までに、その申し出にかかる資産の譲り渡しをしなければならないというものがあります（早期に買取りなどの申し出に応じて、資産の譲り渡しをしてくれた人に税金を優遇することで、公共事業のスムーズな促進をはかったり、ごね得を防ぐため）。よって買取りなどの申し出の日から六か月がたつ日までに、売買契約を結んでいる場合は、資産の引渡しが買取りなどの申し出から、六か月が経った後であっても、すでに公共事業の円滑な取り組みに協力する意思を表示しているので、特例の適用はあることになります。この買取りなどの申し出の日とは具体的にいつのことをいっているのか、これについては昭和55年1月18日の大阪高裁や平成2年3月16日の東京地裁で、金額の提示の必要性は必ずしも ないという判決がでておりますので、事業施行者が資産の所有者に買取りの意思を表示した際が買取りの申出の日となります。
マイホームの買換えとは、自分が住んでいる家屋を売却するまたは家屋と共にその敷地や借地権を売却して新しくマイホームを買うことを指します。このとき売却資産については以下に掲げる要件が必要です。
1.日本国内に所在するマイホームであること
2.売却代金が1.5億円以下であること
3.売った人の移住期間が10年以上、且つ打った年の1月1日において売った家屋やその敷地の所有期間が共に10年を超過するものであること
また、買換え資産については以下に掲げる要件が必要です。
4.日本国内に所在するマイホームであること
5.買い換える建物の床面積が50㎡以上のもの、且つ買い換える土地の面積が500㎡以下のものであること
6.マイホームを売却した年の前年から翌年までの3年間でマイホームを買い換えること
7.買い換えたマイホームには一定期限までに住むこと（買い換えたマイホームを住まいとして使い始める期限は、売った年かその前年に取得した際には売った年の翌年12月31日まで、売った年の翌年に取得した際には取得した年の翌年12月31日までとなっている）
8.買い換えるマイホームが耐火建築物の中古住宅であるときには、取得の日以前25年以内に建てられたものであること
ただし、耐火建築物以外の中古住宅および平成17年4月1日以後に取得する耐火建築物である中古住宅のうち、一定の耐震基準を満たすものに対して建築年数の制限は存在しません。また、この特例をうけるためには譲渡所得の金額が0円になるときでも一定の書類を添付して確定申告書を出さなければなりません。
住宅ローン控除の対象となる住宅をその移住の用に供した年の前年・前々年またはその移住の用に供した年やその翌年、翌々年において、居住用財産の買換えの特例の適用を受けているまたは受ける際には、その居住の用に供した年以後の各年分の所得税については住宅ローン控除の適用をうけることは不可能なのでしっかりと検討しましょう。
1.日本国内に所在するマイホームであること
2.売却代金が1.5億円以下であること
3.売った人の移住期間が10年以上、且つ打った年の1月1日において売った家屋やその敷地の所有期間が共に10年を超過するものであること
また、買換え資産については以下に掲げる要件が必要です。
4.日本国内に所在するマイホームであること
5.買い換える建物の床面積が50㎡以上のもの、且つ買い換える土地の面積が500㎡以下のものであること
6.マイホームを売却した年の前年から翌年までの3年間でマイホームを買い換えること
7.買い換えたマイホームには一定期限までに住むこと（買い換えたマイホームを住まいとして使い始める期限は、売った年かその前年に取得した際には売った年の翌年12月31日まで、売った年の翌年に取得した際には取得した年の翌年12月31日までとなっている）
8.買い換えるマイホームが耐火建築物の中古住宅であるときには、取得の日以前25年以内に建てられたものであること
ただし、耐火建築物以外の中古住宅および平成17年4月1日以後に取得する耐火建築物である中古住宅のうち、一定の耐震基準を満たすものに対して建築年数の制限は存在しません。また、この特例をうけるためには譲渡所得の金額が0円になるときでも一定の書類を添付して確定申告書を出さなければなりません。
住宅ローン控除の対象となる住宅をその移住の用に供した年の前年・前々年またはその移住の用に供した年やその翌年、翌々年において、居住用財産の買換えの特例の適用を受けているまたは受ける際には、その居住の用に供した年以後の各年分の所得税については住宅ローン控除の適用をうけることは不可能なのでしっかりと検討しましょう。
マイホームを売却した際の譲渡所得金額は、取得費と譲渡所得を合わせたものを譲渡価額から差し引き、そこから3000万円の特別控除を差し引いて計算します。ただし、マイホームではなくほかの不動産（賃貸用のマンション）を売却したときにはこの3000万円の控除はされません。税務上でマイホームを売却したときの詳細が以下のように定められているのですべて満たしているか確認してください。また、この特例を適用するには一定の書類を添えて確定申告しなければなりません。
■マイホームを売却するとは、自分が住んでいる家屋を売却するか、家屋とともにその敷地や借地権を売却することを指しており、原則的に所有期間の長短は関係しません。また、次のような家屋を売却してもこのマイホームには当てはまりません。
・この特例をうけることだけを目的に入居したと認められる家屋
・居住用家屋を新築する期間内だけ仮住まいとして使用した家屋、その他一時的な目的で入居したと認められる家屋
・別荘などのように主に趣味や娯楽または保養のために有している家屋
■単身赴任、転地療養などによってほかの場所に住んでいる際でも、配偶者等が引き続きその家屋に住んでいて、その人の単身赴任等の事情が解決した場合で、配偶者等とともに再びその家屋に住むことが予定されているときには、その人にとっても居住用家屋として取り扱われマイホームに当てはまります。また、以前に住んでいた家屋や家屋と共にその敷地等を売却する際には、住まなくなったその日から3年目の年の12月31日までに売却しなければなりません。住んでいた家屋または住まなくなった家屋を取壊してその敷地を売却する場合には、以下の要件をどちらも満たさなければなりません。
・その敷地の譲渡契約が家屋を取り壊した日から1年以内に結ばれ、且つ住まなくなった日から3年目の年の12月31日までに売却すること
・家屋を取り壊してから譲渡契約を締結した日までその敷地をその他の用（貸駐車場など）に供していないこと
■災害によって家屋が滅失している際には、その敷地を住まなくなった日から3年目の年の12月31日まで（東日本大震災によって滅失した家屋の際には災害があった日から7年を経過する日の属する年の12月31日までとなっています）に売却すること
■売手と買手の関係が親子や夫婦などであり、特別なもの（親から子、夫から妻、社長から社長の会社等）でないこと
■売却した年の前年および前々年にこの特例またはマイホームの買換えやマイホーム交換の特例、またはマイホームの譲渡損失についての損益通算および繰越控除の特例の適用がなされていないこと
■売却した家屋や敷地は収用等の際の特別控除などほかの特例の適用がなされていないこと
■マイホームを売却するとは、自分が住んでいる家屋を売却するか、家屋とともにその敷地や借地権を売却することを指しており、原則的に所有期間の長短は関係しません。また、次のような家屋を売却してもこのマイホームには当てはまりません。
・この特例をうけることだけを目的に入居したと認められる家屋
・居住用家屋を新築する期間内だけ仮住まいとして使用した家屋、その他一時的な目的で入居したと認められる家屋
・別荘などのように主に趣味や娯楽または保養のために有している家屋
■単身赴任、転地療養などによってほかの場所に住んでいる際でも、配偶者等が引き続きその家屋に住んでいて、その人の単身赴任等の事情が解決した場合で、配偶者等とともに再びその家屋に住むことが予定されているときには、その人にとっても居住用家屋として取り扱われマイホームに当てはまります。また、以前に住んでいた家屋や家屋と共にその敷地等を売却する際には、住まなくなったその日から3年目の年の12月31日までに売却しなければなりません。住んでいた家屋または住まなくなった家屋を取壊してその敷地を売却する場合には、以下の要件をどちらも満たさなければなりません。
・その敷地の譲渡契約が家屋を取り壊した日から1年以内に結ばれ、且つ住まなくなった日から3年目の年の12月31日までに売却すること
・家屋を取り壊してから譲渡契約を締結した日までその敷地をその他の用（貸駐車場など）に供していないこと
■災害によって家屋が滅失している際には、その敷地を住まなくなった日から3年目の年の12月31日まで（東日本大震災によって滅失した家屋の際には災害があった日から7年を経過する日の属する年の12月31日までとなっています）に売却すること
■売手と買手の関係が親子や夫婦などであり、特別なもの（親から子、夫から妻、社長から社長の会社等）でないこと
■売却した年の前年および前々年にこの特例またはマイホームの買換えやマイホーム交換の特例、またはマイホームの譲渡損失についての損益通算および繰越控除の特例の適用がなされていないこと
■売却した家屋や敷地は収用等の際の特別控除などほかの特例の適用がなされていないこと
収用交換等の5000万円特別控除には要件があり、初めに買取り等の申出のあった日から6か月を経た日までにその申出にかかる資産を譲渡しなければなりません（早期に買取り等の申出に応じて資産を譲渡してくれた人に税金を優遇することによって公共事業のスムーズな促進をはかることや、ごね得を防ぐため）。よって買取り等の申出の日から6か月を経る日までに売買契約を結んでいる際は、資産の引渡しが買取り等の申出から6か月を経た後であってもすでに公共事業のスムーズな取り組みに協力する意思を表示しているので特例の適用はあることになります。ではこの買取り等の申出の日とは具体的にいつを指しているのか、これは昭和55年1月18日の大阪高裁や平成2年3月16日の東京地裁で金額の提示の必要性は必ずしもないという判決がでています。よって、事業施行者が資産の所有者に買取りの意思を表示したときが買取りの申出の日となります。