正規表現で置換すれば良いお話し。

置換で「正規表現」にチェックして置換する。

・スペース・タブだけの行 ⇒ スペース・タブを削除し、空行にする場合。
置換前:^[ \t]+([\r\n])
置換後:$1

・スペース・タブだけの行 ⇒ 行をバッサリ削除する場合。
置換前:^[ \t]+[\r\n]+
置換後:

・何も無い空行を削除する場合。
置換前:^[\r\n]+
置換後:

・何も無い空行、またはスペースタブのみの行を削除する場合。
置換前:^[ \t]*[\r\n]+
置換後:


あとは1箇所ずつ [置換] で判断しながら消していくのも良し、
「範囲」を「選択範囲」にして [すべて置換] で選択範囲のみバッサリ一気に消すのも良し、
自由自在でしょう。

さらに、これらの中で自分がよく使う物なんかがあれば、マクロ化しておけば良し。

1.[Ctrl]+[Shift]+[M] でマクロ記録開始する。(タイトルバーを見て記録中なのを確認)
2.使いたい置換作業を1回やる。 ※この時に「範囲」を「選択範囲」にしておくと後々使いやすくなる。
3.もう一度 [Ctrl]+[Shift]+[M] でマクロの記録終了。
4.[Ctrl]+[M] でマクロをファイルとして保存する。

あとは このマクロファイルを 共通設定 - マクロ に登録して(一旦、共通設定を [OK] で閉じる)
さらに 共通設定 - カスタムメニュー で 右クリックメニュー にでも登録するとか。

マクロ作成時に「範囲」を「選択範囲」にしておくと、マクロ実行時に
・範囲選択してからマクロを実行する ⇒ 選択範囲にのみ処理される
・範囲選択しないでマクロを実行する ⇒ ファイル全体に対して処理される
となります。