IEのお気に入りが消えて、バックアップから戻しても直らない。
と言うので、現地に向かう前に色々と調べて伺いましたが、
http://support.microsoft.com/kb/2463260/ja
こんな感じでもなく、何故かお気に入りフォルダが隠しフォルダになっていました。
「隠しファイルを表示する」にして、隠しフォルダのチェックを外したら元に戻りました。
お気に入りフォルダはWindows7の場合「C:\Users\ユーザー名\お気に入り」WindowsXPの場合「C:\Documents and Settings\ユーザー名\お気に入り」になります。