これは手間もかかりますし、近所で反対する人が出ると建設不可能になることもあるので、できれば十メートルを越えないように設計してもらうほうがよいでしょう。
一層分で約三メートルですから、屋根の形を工夫すればちょうど三階建ての高さが納まるはずです。
余談ですが、二階建ての家と三階建ての家は、基準が全くちがっています。
別ものとして考えた方がよいでしょう。
もし二階ではなく三階を希望するなら、そのことによって細かい構造の制約や、外壁、間仕切り壁の材料指定、換気扇の種類までが規制されること、それによってコストにも大きく跳ね返ってくることを覚悟しておきましょう。