H3.3が活性化した遺伝子のクロマチンを構成しているのは、転写の記憶を維持する機構によると考えられています。例えば、アフリカツメガエルにおいては、H3.3によってマークされている系統特異的遺伝子は、リプログラミングの後にもまだ発現していることが知られています。