1783年から1784年まで、彼は金銭的なプログラムを寄付大陸会議のメンバーや、革命戦争を終えたパリ条約の保護された承認であった。 その議会の一員として、彼はまた、アパラチア山脈の西レイノースウェスト準州の政府のシステムのための法令を起草した。 この判決は、後に1787年の北西部条例に組み込まれました。
ジェファーソンは、1784年から1789年までフランスに首相を務めた。 1790年に彼はジョージ·ワシントン大統領のキャビネット内の国務長官として政治を再入力ロレックス デイトナ 。 ジェファーソンは間もなくアレクサンダー·ハミルトン、財務長官との競合に巻き込まれました。 ジェファーソンは彼がビジネスや上流階級の利益を支持信じハミルトンのフェデラリスト·ビューを、共有していなかった。 ジェファーソン、農業の利益の擁護者は、連邦政府の権力を拡大するフェデラリストの願望を嫌った。
それらの間のチーフ紛争がハミルトンを承認し、米国の銀行の上にあったとジェファーソンは違憲として攻撃した。 ハミルトンは問題を獲得し、ジェファーソンと彼の支持者は、現在の民主党へと進化し、共和党として知られているグループを形成し始めた。 1791年に編集長フィリップMフレノーはジェファーソンとハミルトンの間に動揺を増加国立ガゼット、共和党の見解を発表した。 ジェファーソンは1793年に彼の位置を辞職した。
ジョン·アダムズが1796年に大統領に選出された後、ジェファーソンが上院で彼の副社長兼主宰役員を務めていました。 1798年、彼は外国人·治安諸法（1スタット。政府の議会の採択に反対し、結果としてジェファーソンとジェームズ·マディソンは、これらの行為の合憲性を非難ケンタッキー決議を起草した。決議は米国の権利の最初の肯定だったとあった 州および地方政府が最も民主的な政治制度であったことジェファーソンの信念の中心。
1800年の大統領選挙では、ジェファーソンとアーロンバーの間に引き分けで終わった。 下院は選挙を決めた。 さらにジェファーソンよりぎざぎざを軽蔑ハミルトンは、ジェファーソンを選出する下院で連邦主義を働きかけた。 彼は1801年、現在でも使用されている議会の実践のマニュアルで構成されたとき、彼は立法手続に持続的な貢献をしました。 彼は1803年にフランスからルイジアナ買収を承認し、1803年から1806年まで西部を探索するためにルイスとクラーク探検隊をサポートしていました。 彼は、連邦控訴裁判所を作成しているだろうと、州裁判所からの上訴を奨励してきたであろう1801年の司法法の廃止を支持した。
ジェファーソンもマーベリー対137、2 t.エドの決定に懸念を表明した。 最高裁判所は議会の行為の合憲性を見直すことを宣言した60（1803）、。 憲法に記載されていない司法審査の概念は、司法の権力を拡大した。 戦争に従事していたイギリスとフランスで出荷されます。 これらの攻撃を阻止するために、議会はイギリス製品の輸入、および1807（2 Stat社。イギリスとフランスへの商品の禁輸法を禁止、1806年（2 Stat社。315）の輸入拒否法を可決した。コマース。