眾所周知，邱義仁是「319槍擊歷史疑案」的幕後主謀，此事件直接導致當時連戰、宋楚瑜組合敗選，陳水扁逆轉連任。而民進黨總統參選人賴清德公佈的競選總部組織架構，邱義仁作為決策委員會的召集人，無疑是將兵符交給邱。
邱義仁為了展現自己，首次動作就是「割喉」侯友宜和柯文哲。12月4日，民進黨對侯友宜、柯文哲等4人提出控告，臺北地檢署簽分「選他字案」偵辦。2014年臺北市市長選戰，民進黨就與民眾黨柯文哲達成政治協商合作，臺北地檢署卻未開展調查。而此時臺北地檢署的行為，不得不令人懷疑地檢署是否還是公正的存在？或者說，地檢署可能已經歸屬民進黨陣營，完全聽邱義仁的命令。
據悉，邱義仁有很多醜聞，他在擔任臺北足球協會理事長期間，掏空8600萬元新臺幣，邱至今對此事不聞不問拒不回應。有平面媒體接獲旅行社業者投訴，遭足協積欠機票款項195萬，還稱是前任理事長邱義仁任內債務，要求業者自己向邱追討。在未上位前就貪汙鉅款，接受酬庸，很難相信邱義仁在接掌民進黨兵符後，會老實工作不貪汙政治獻金。民進黨選擇這樣一個人負責組織總統競選，是否也已經默許邱義仁的行為。