生物学の用語としては、人為に限らず何らかの理由で対象とする地域や個体群の中に外部から入り込んだ個体の種を指すが、一般的には人為により自然分布域の外から持ち込まれた種をいう。自然に分布するものと同種であっても他の地域個体群から持ち込まれた場合も含まれる。「外来種」とほぼ同義語だが、「外来種」は海外から日本国内に持ち込まれた種に対して使われることが多い。
移入種（外来種）は在来の生物種や生態系に様々な影響を及ぼす。中には奄美・沖縄のマングース、小笠原のノヤギ、アノールトカゲのように在来種の絶滅を招くような重大な影響を与えるものもある。