アメリカで生まれた子供が日本とアメリカの二重国籍を持つ場合に、日本に（一時）帰国する時はどの国のパスポートを取得するべきか？
深刻な問題ではないですが、ちょっと考えますよね。
一番良いのは、アメリカと日本の両方のパスポートを取得することですが、お金がかかるし、なにより手間がかかります。
もし、数年以内に日本に帰国（引越し）が決まっているのであれば、両方のパスポートを取得したほうが便利だと思います。
将来日本に帰国（引越し）を考えてはいるけれど、しばらくはアメリカを居住地とする場合には、アメリカのパスポートだけでも特に問題はありません。
その場合は、お子様は例え日本の国籍があったとしても、アメリカのパスポートで日本に入るので、外国人扱いになります。
空港での入国審査の際には、外国人用のレーンに並ばなければなりません。
不便と感じるのは、それだけです。
では、日本国籍はあるけれどアメリカのパスポートで日本に入国し、90 日以上の滞在をする場合。
または、日本への帰国（引越し）が決まってアメリカのパスポートで日本に帰国（引越し）した場合にはどうするか？
これらの場合には、日本で次の２つの手続きが必要になります。
① 日本のパスポートの取得。
日本で申請する場合には、申請書、戸籍謄本（または戸籍抄本）、住民票等が必要になります。
パスポートの発行は申請してから約２週間かかります。
② 入国管理局に行き、在留資格の取り消しをしてもらう。
外国人として日本に入国した場合には、90 日間の在留資格が与えられます。
例え日本国籍を持つとしても、入国してから90 日以内にこの在留資格の取り消しをしてもらわないと、国外退去の対象になってしまいます。
在留資格の取り消しの申請には、日本とアメリカ両国のパスポートと、戸籍謄本（または戸籍抄本）が必要になります。
＊重複しますが、戸籍謄本（または戸籍抄本）は上記①と②のそれぞれで必要になります。
また、各申請日から6カ月以内に作成されたものでないと無効になるので注意が必要です！
パスポートの申請には時間がかかりますが、入国管理局での在留資格の取り消しはその日のうちに終わります。
日本のパスポート申請では、12 歳未満は５年間有効のパスポートしか申請できないので（10 年間有効のパスポート申請ができない）、アメリカで子供が産まれて、少なくとも５年間はアメリカに滞在することがわかっている場合には、日本のパスポート取得はしばらく保留にしておいてもよいのでは、と思います。
＊＊2016 年の話です。