惣持寺第７世で西方院初代となった実英〔大永５年（１５２５）９４才で入寂〕は、近江国高島郡海津に西方院家を開基した。実英のこの行動は、彼の師匠であるアクティブな実雄（竹生島常行院中興祖、神照寺無量寿院創建、惣持寺第６世）の影響が大である。実雄が「竹生島真言始祖」と呼ばれる所以である。
その後、西方院第３代の伝清（惣持寺第８世実意の弟子）は、根来寺律乗院の忠雄から付法を受けるなど新義真言宗の教学を深めていく。
竹生島祭礼図（東京国立博物館蔵）複製
赤矢印が西方院
西方院４代目及日は海津にあった西方院を竹生島に移転させた。戦国の戦禍から逃れるためか？時に天文２３年（１５５４）から永禄元年（１５５８）の頃と思われる。竹生島に初めて真言宗の院坊が成立したのである。だが、竹生島全山が真言宗になったわけではない。当初は、あくまで西方院一院だけが真言寺院であった。
その後も、西方院第１０代幸誉の時代まで惣持寺との繋がりを維持していたが、第１１代の祐尊が何らの故障により島を出て菅浦に芲蔵坊を構えることになり、わずか約１００年間で西方院は廃絶することになった。しかし、竹生島初の学頭として全山に及ぼした影響は極めて大きい。西方院の１００年は、後に全山新義真言宗となる道を開いた１００年であった。