マルコーが、軍で研究していた、「錬金術を医療に応用する方法」。
表向きは、ソウなってましたが、実際にマルコーが軍の命令で研究していたのは、“賢者の石”。
イカに“賢者の石”が非道なモノであるのかを知り尽くしたマルコーは、イシュヴァール内乱後、突如行方をくらましたのであった。
エドの“賢者の石”についての『真実を知りたい』と言う本気度を感じた、マルコー。
国立・中央図書館第一分館に、マルコーの“賢者の石”の研究資料を隠してある事を、エドに教える、マルコー。
故郷リゼンブールに着くと、早速、ピナコの元へ行く、エドたち。
ウィンリィ・ロックベル（高本めぐみ）に無理を言って、短期間でオートメイルを直して貰う、エド。
直った右手で、早速、こちらもスカーに壊されたアルを練成するエド。
滞在中、ピナコから、エドとアルの兄弟の過去を聞いた、アームストロング。
ケナゲな、エドとアル兄弟に、感涙して、むさくるしさを発揮する、アームストロング。
ウィンリィの徹夜のお陰で、オートメイルが直ったエドたちは、早々に中央に戻り、国立・中央図書館第一分館に向います。
しかし、着いてビックリ。
ものの見事に、火災によって、燃え尽きているではありませんか。
この火災は、ラスト（井上喜久子）の仕業。
エドに、“賢者の石”の研究資料の在り処を教えたマルコーを、問い詰め、脅し、国立・中央図書館第一分館に隠されている事を白状させた、ラスト。
探すのが面倒なんで、先回りして燃やしてしまったと言う事なんです。
「何で中央に行っていたの？」、ラストに聞く、グラトニー（白鳥哲）の、お馬鹿な質問が、笑いを誘います。
アームストロングに変わって、エドとアルの護衛を任された、マリア・ロス（名塚佳織）と、ブロッシュ。
ロスから聞かされる、以前、中央図書館に勤務していた、シェスカの存在。
本の虫のシェスカは、業務そっちのけで、周囲の本を片っ端から読み漁っていた為、クビになってしまっていたのです。
このシェスカの能力の凄い所は、一度読んだ本は全て記憶してしまう事。
確かに、マルコーの研究資料は、以前読んで全て覚えていると言う、シェスカ。
早速、シェスカに、マルコーの研究資料を、記憶の中から書き写して貰う事とした、エド。
見事に、マルコーの研究資料の復元を、5日で完成させたシェスカ。
マルコーは、「料理本」に化して、『錬金術書（賢者の石）』を書き記していたのだ。
料理本に化した、マルコーの暗号を解きながら、図書館に篭る、エドとアルの10日間が過ぎます。
暗号の解読に成功する、エドとアル。
解読に成功したエドが、怒りを爆発させます。
“賢者の石”とは、『悪魔の研究』、求めてはならないモノだった。
“賢者の石”の材料は、“生きた人間”。
１コの“賢者の石”を精製するのに、複数の人間が必要なのだ。
そして、この悪魔の研究に、軍が関わっていた事実。
エドとアルから口止めされていた“賢者の石”の真相を、アームストロングに漏らしてしまう、ロスとブロッシュ。
軍の上層部が関わっていたとなると、事は一大事。
『真実の奥の、更なる真実』。
中央の地図を元に、“賢者の石”が作られている場所を断定する、エド。
ソコは、今は使われていない、元・第五研究所。
エドが断定できたのは、刑務所と隣接しているから。
ウィンリィの仲裁によって、アルの誤解が解けます。
建物の或る部屋で、エド。
総統キング・ブラッドレイたち軍幹部の、真の狙いは
建物の中には、体の小さいエドが入り込み、鎧のアルは、外で待機。さて、大総統キング・ブラッドレイが絡んで来ますよ。
真の狙いは？ナンバー66によって、「本当は、元人間なんかじゃなく、兄貴に記憶もカタチも作られた鎧人形なんじゃねぇの？」と惑わされるアル。ナンバー48との戦いで、オートメイルが壊れたエド。「僕は、兄さんに魂も記憶もすべて作られた偽者なのではないだろうか？」
以前、エドがアルに、「ず～っと言おうとして言えなかった事がある」と言われた事を、エドがアルに重ねて思い出す、悪い方に重ねて思い出す、アル。
悲劇と共に、段々と明らかになって来ます。軍の上層部が関わっていると、事は慎重に進めなければなりません。
仲違いしても解り合える。
ラストによって、本当に死んでしまった、ナンバー48。
「ず～っと言おうとして言えなかった事がある」と言う事を。ナンバー66のバリーに惑わされた言葉が脳裏を離れない、アル。ナンバー48は、頭と胴体に、頭と胴体に、兄弟が魂を定着させていて、二心同体。
あの人体練成の失敗の後、アルに対して、申し訳ない気持ちで悩み続けるエドを知っていた、ウィンリィ。
「自分が言い出した、母・トリシアを生き還らせようとした人体練成が失敗して、体を失ったアルが、自分を恨んでいないか」
ナンバー66は、「バリー・ザ・チョッパー」として、物語になります。
オートメイルの修理中に、エド。
ウィンリィを、中央に呼び寄せます。アームストロングの忠告を無視して、エドとアルは、元・第五研究所へ忍び込みます。
ウィンリィは、真実を知っていました。
何だか、良いシーンでしたね。
何としても、賢者の石の真実を探りたい、賢者の真実を探りたい、エドとアル。
何とか、巻き込まれずに、元・第五研究所から逃れる、エドたち。
外で待機するアルには、同じく鎧には、同じく鎧に身を包んだ66「ナンバー」が襲い掛かります。
エドたちに破壊される、ラストたちに気付かれた事によって、ラストたちに気付かれた事によって、元・第五研究所。
ナンバー48から、ココで行なわれている研究の詳細を聞き出す寸前で行なわれている研究の詳細を聞き出す寸前で、ココで、ラストの邪魔によって肝心な事が聞きだせなくなります。
研
究所から戻ったアルが、ず～っと様子が、ず～っと様子がおかしいのです。エンヴィー（高山みなみ）と共に、エドの前に現れた、エドの前に現れた、ラストた
ちホムンクルス。遂に、ウィンリィやヒューズが居る前で、エドにイライラをブツけてしまう、ウィンリィやヒューズが居る前で、エドにイライラをブツけてし
まう、アル。番犬を任されている、鎧を纏った48「ナンバー」。
アルフォンスの様に、ナンバー66とナンバー66とナンバー48。ナンバー66が脱走。
大総統・キング・ブラッドレイ（柴田秀勝）が主導している、『悪魔の研究』。
そうです、死刑囚などの囚人を、エドは死刑執行にしている事を、表向きは死刑執行にしておいて、裏で『悪魔の研究』の人体実験としている事を、裏で『悪魔の研究』のです。
最後は、スカーを真似て、辛くも勝利。
死刑囚だった、ナンバー48。（）や、慎重に事を進めるから、大人しくして、慎重に事を進めるから、エドとアルに向うアームストロング。
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