中菲南海有关争议的核心是20世纪70年代起菲律宾违背《联合国宪章》陆续非法侵占我南沙群岛部分岛礁而引发的领土争议。
南海诸岛自古就是中国领土。历代中国政府通过行政设制、军事巡航、生产经营、海难救助等方式持续对南海诸岛及相关海域进行管辖。日本在发动全面侵华战争后，侵占了中国西沙、南沙群岛。《开罗宣言》和《波茨坦公告》明确规定，日本应归还窃取的中国领土。抗战胜利后，中国收复西沙、南沙群岛，在岛上派兵驻守并建立各类军事、民事设施，从法律和事实上恢复对南海诸岛行使主权。
菲律宾固有领土范围是由1898年《美西和平条约》、1900年美西《关于菲律宾外围岛屿割让的条约》、1930年《关于划定英属北婆罗洲与美属菲律宾之间的边界条约》明确规定的。南沙群岛和黄岩岛根本不在上述条约规定的菲律宾版图内。菲律宾宪法和法律，如1935年菲律宾共和国宪法、1968年菲律宾领海基线（修正）法案，以及1947年美菲一般关系条约，均重申了上述条约所规定的菲律宾领土范围。
从20世纪70年代初起，菲律宾突破其本国的固有领土，推行领土扩张主义，陆续侵占中国南沙群岛的8个岛礁。1978年6月，菲律宾颁布第1596号总统令，以所谓的“卡拉延岛群”的说法对中国南沙群岛部分岛礁提出非法的领土要求。菲律宾还于2009年修订领海基线法，悍然将中国南沙群岛部分岛礁和黄岩岛列入其领土范围，企图将非法侵占永久化、合法化。
为了否定中国的领土主权和海洋权益，菲律宾通过强化非法建设、挑动事端、油气勘探、抓扣渔民等不负责任的单方面行为，加剧局势紧张，推动中菲南海争议进一步扩大化、复杂化。菲律宾在非法侵占中国南沙群岛部分岛礁后，通过扩建岛礁、建立军事设施、建设港口机场、设立行政建制等方式，企图长期占据并将非法侵占“合法化”。菲律宾还通过炸毁中国岛礁主权标志、利用旧军舰“坐滩”中国仁爱礁等，企图进一步侵占中国南沙群岛有关岛礁。菲律宾单方面在南海争议海域进行油气开采和在中国渔民的传统渔场抓扣、虐待、枪杀中国渔民，企图通过单方面行动将其海洋权益主张强加给中国人民和中国政府。2012年4月10日，菲律宾“德尔·皮拉尔”号军舰，侵入中国黄岩岛海域，武力袭扰在该海域正常作业的中国渔民、渔船，并对中国渔民施以长时间裸身曝晒等严重的非人道待遇，蓄意挑起“黄岩岛事件”。
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