まだカスタムと言えるほどのものではないですが、自分の使いやすいように少しずつ設定していきます。

まずは、2chを快適に見るためにiPhoneでも使っていたBB2Cをインストール。でも、iPadに正式対応していないアプリなので、そのままでは文字が単純に拡大されてしまってギザギザモザイク状態になってしまいます。
そこらへんを解決するために、JailbreakしてFullForceというソフトをCydiaからインストールします。このFullForceというソフトはiPadに正式には対応していないアプリを画面表示などの調整をしてうまいぐあいに表示させてくれるというもの。これを使うと表示の不具合は解決されます。
ただ、そのままではリンクに飛べないなどの不具合があるそうなので、moyashiさんのBB2CPatcherというパッチを使用します。

また、Safariで各種のサイトを閲覧する時に通常のPCサイトが表示されるのもちょっと鬱陶しいので、UserAgentFakerというソフトを使用してiPhoneのUserAgentに変更してやればタッチ操作に最適なスマートフォン用のページが表示されるようになります。