apache2.2.3の再インストールが完了したのでHPを再構築した。
バックアップしていた/htdocs /cgi-binディレクトリのファイルを全てコピー。
/modules/libphp4.so、/modules/libphp5.soもコピー。
（ファイルの属性、ファイル内の日本語文字コードまではコピーされなかったのでちと躓いた）
そして、/conf/httpd.confを編集して
perl
php5
ssi
htaccess
等がまた使えるようになった。
No UnreachableDream,No Life 株とプログラミングに関するサイト
しかし、tomcatの再起動ができなくなった。
# /usr/local/apache-tomcat-5.5.20/bin/shutdown.sh
Cannot find /usr/local/bin/setclasspath.sh
This file is needed to run this program
たく、お前の為にapache入れなおしたんだぞ。
追記
上記の問題、すぐに解決した。
# source ~/.bash_profile
.bashrcを読み直したらできるようになった。
.bashrcにtomcatのクラスパスの設定とかしてたからそれが問題だったんだろうね