エンディングの後、再びゲームを始めると一転してワカバタウンの自宅にある自分の部屋からスタートし、下に降りようとすると…。この辺は金・銀と同じ展開でウツギ博士からふねのチケットをもらって、アクア号でカントー地方へ行くわけだが、高速船アクア号に乗ろうとするとオーキド博士がいて、ポケモン図鑑を全国図鑑にパワーアップしてくれるんです。

図鑑をパワーアップしたところで高速船アクア号に乗り、カントー地方へ。アクア号ではおじいさんの孫を探したり、船員の友達を探していくうちにクチバシティへ到着することに…。

クチバシティでアクア号から降りると再びスイクンに遭遇。カントー地方でもあのスイクンに振り回されるのかな。

一方、アクア号はクチバシティに到着後、水・日曜にクチバシティから、月・金曜にアサギシティから出航するが、金・銀と違って一度船内にいるトレーナーと戦うと二度と戦うことができないので、金・銀と同じ感覚で経験値やお金稼ぎをしようとすると痛い目にあうことも。DPtにあった、バトルサーチャーもないみたいなのでここはポケギアで地道に戦ってくれるトレーナーを見つけては再戦するか素直に四天王やチャンピオン戦で稼いだ方がいいかもしれませんね。こちらは殿堂入り後でも復活するみたいだし…。

FR・LGと同じようにクチバシティにもジムがあり、ここではジムリーダーのマチスと戦うことになるが、金・銀と違って二重ロックの仕掛けがあるみたいです。ただ、FR・LGと同じ方法で突破できるのでプレイしたことがあるならそれほど気にする必要がないかも。ちなみに、マチスに勝つとオレンジバッジの他に金・銀では無かった、技マシンがもらえるみたいです。ただ、もらえる技マシンの中身は「でんげきは」でFR・LGと同じだったりします。