これによると、自由席特急券と急行券の有効期限を発売から2日間から発売当日限り有効とするそうです。
いずれも1列車に限り有効なので、支障ないのかなと思ったら、あるじゃん!
夜行列車「はまなす」は2日間有効じゃないとだめじゃないですか。

(「はまなす」スハフ14 502・青森・2010年12月3日)
これは「はまなす」から普通車自由席を外すというよりは、それとも2014年春で「はまなす」を廃止するって考えた方が自然ですよね。
「はまなす」は
JR最後の定期急行列車
JR最後の客車急行
JR最後の夜行急行
JR最後の寝台車連結急行
といろいろと最後の牙城。
北海道新幹線開業時は廃止になるとは思っていましたが、その前になくなる公算が高そうです。
あくまで予感なだけですが……。
12月21日追記
20日にダイヤ改正の概要が発表されましたが「はまなす」は今回は存続するようです。