接客をする場所・仕事内容が違います。
フロアレディーはその名の通り、仕事場所が「フロア」です。お客様のそばに座って、お酒を作ったり、お話をしたりして接客します。キャバクラやラウンジでよく募集されている職種で、キャバクラなどでは「キャスト」とも呼ばれます。
カウンターレディーは、カウンターの中が仕事場所。お客様とお話をするのはもちろん、お酒を作ったり、洗い物をしたりもします。お客様の横に座っての接客が禁止されている、スナックやガールズバーで募集されていることが多いようです。カウンター越しなので、ボディータッチされる危険性は少なめです。
もちろん、キャバクラでカウンターレディーが募集されていることも。この場合はキャストではなく店内のカウンターでお酒の準備をしたりするのが仕事になります。