通勤費はすべてが非課税ではありません。
例えば、自宅から駅まで自転車で通勤し、
電車で会社まで行く方で、電車代に加えて
駐輪場代や自転車分についての上乗せで
通勤費を支給する場合、どこまでが非課税となるかどうか
その基準をご存知でしょうか？
そもそも公共交通機関を利用した場合は、その
定期代など最も経済的で合理的な経路を使った分が
非課税となります。ただし上限は10万円。
一方、自転車や自動車通勤する場合に支給する
通勤費は、2キロ以上自転車や自動車に乗ることが
条件となります。
（2～10キロの場合は4,100円が上限で距離に応じて決まってます）
したがって、冒頭の例では、自宅から駅まで2キロ以上離れて
いれば、上限4,100円で非課税となるわけです。
（この時、駐輪場代も支給しているなら含めて構いません）
ただし、2キロ以上離れていなければ課税となるので、
給与計算上注意が必要ですね。
もし2キロ以上あるとした場合、自転車分と電車分を合算して
上限10万円の範囲内が非課税となるわけです。