解かる範疇で答えます・・・が
その前に・・・
「さきゅばす」本体→バージョン1.22r
「Java」→最新
「ffmpeg」→インスト済み
・・・・の条件を踏まえての答えです。
まず、「さきゅばす」をダウンロードして、その中の”Saccubus.exe”をポチポチっと実行します。
んで設定を・・・




・・・基本的にそのままです。
変更した所は最初の画像と最後の画像に有る(コメント数)を”1000”にしただけです。
※フォルダの設定は上手く出来ない様なのでストック状態です。

上の3つのフォルダは最初は有りませんが、動画を1回落すと生成されます。
[out]comment→コメント(xml)ファイル
[out]video→動画のみの(FLV)ファイル
そして・・・
[out]converted→ミックス(AVI)ファイル
・・・・後はこの(AVI)ファイルを「GomEncoder」等でエンコードして完成です^^
落しかた・・・一応・・・
1、目当ての動画のページで右クリックでプロバディをポチッとな^^

2、アドレスをコピー^^

3、「さきゅばす」に貼り付け!

4、変換をポチッ!

・・・これで落ちる!・・・・はず・・・・
[out]commen
[out]video
[out]converted
のフォルダを確認すると・・・・・落ちてる・・・・・はず・・・・
尚、他の(コメント付きで落せるソフト)は1件確認しましたがリンク切れでDL出来ませんでしたのでこのソフトが良いと思いますが・・・