デューク/チャニング・テイタム

リップ/マーロン・ウェイアンズ

アナ・ルイス/シエナ・ミラー

ストームシャドー/イ・ビョンホン

レックス/ジョセフ・ゴードン=レヴィット

ジェームス・マッカラン/クリストファー・エンクンク

スカーレット/レイチェル・ニコルズ

アバナシー/アドウォール・アグバエ

スネークアイズ

ブレーカー/サイード・タグマウイ

ホーク将軍/デニス・クエイド

MERS産業は武器開発を発表

「ナノマイト」

その武器の移送をNATOの護衛部隊が警護する

しかし、道中で空から攻撃を受ける

ナノ兵器で攻撃されて太刀打ちできない

敵は元彼女アナ率いる軍団

そこへ極秘ユニットが助けに入った

護衛部隊はで助かったデュークとリップ

ユニットがナノマイトを持ったデュークたちを連れて行く

ユニットは「ＧＩジョー」精鋭部隊

ホーク将軍の指揮官で動いていた

本部に連れてこられると、輸送を依頼したジェームス・マッカランが衛星通信で待っていた

マッカランは、ケースの中身を確認した

ホーク将軍はマッカランには何か隠し事があると感じていた

アナ・ルイスは、マッカランの部下だった

ストームシャドーとアナへＧＩジョーの本部にいきケースを盗むように指示

ドクターと呼ばれるマスクの男は、ナノマイトを人に注入することで従順に従う軍隊を作り出した

マッカランはそれで優位に立ち金儲けをしようと考えていた

デュークは、4年前に別れたアナを探すためにＧＩジョーへの入隊を志願

一緒にリップも入隊した

アナは、科学者のダニエルと結婚していた

加速装置を利用するのにダニエルと結婚

デュークはアナにプロポーズをした

同じ軍隊でアナ弟のレックスも祝福してくれた

ＧＩジョーのユニットに訓練を受ける

リーダー将軍アバナシー

矢を操るスカーレット

銃を放つヘビーエフティー

剣の得意なスネークアイズ

IT　ブレーカー

本部へアナ、ストームシャドー、サルタンが乗り込む

ホーク将軍からケースが盗まれた

ＧＩジョーの軍隊とアナたちが交戦になるが逃げられてしまう

「またね!デューク」

スネークアイズは、幼い頃にストームシャドーの道場で出会っていた

お互いにライバル視していた

マッカランはパリでスーツの弾頭をテストするように指示

ザルタンが志願してナノマイトを注入

ＧＩジョーはマッカランが黒幕だと気が付き、パリに向かう

戦地でレックスは空爆に巻き込まれた

弟を亡くしたアナは悲しみ、責任を感じたデュークはアナの元を去った

アナたちは、ダニエルの施設へ行き、ナノマイトを兵器化するように脅した

そして弾頭をエッフェル塔に打ち込もうとしていた

デュークたちは、弾頭の車を追いかけてカーチェイスをする

ウィルスを注入したがデュークが止めた

しかしデュークはさらわれて、ＧＩジョーは街を破壊したと拘留されてしまう

幼い頃、互角のスネークアイズとストームシャドーに対して師範は、スネークアイズを褒めた

それをみてストームシャドーは師範を殺害した

任務から外されたＧＩジョーだったが、デュークを追った

デュークはマッカランの基地、氷山へ連れて行かれた

兵器になった、弾頭をを発射しようと準備する

マッカランはアナにキスをした

デュークは兵器にされるために連れてこられていた

何も知らなかったアナは戸惑う

ドクターの正体はレックスだった

レックスは爆破前に入った施設でナノマイトを知った

そしてコピーをして生き延びた

弾頭を乗せたミサイルが発射される

リップがミサイルを止めに追いかける

アナがデュークを助けにきた

しかしアナもすでにレックスにナノマイトを注射されていた

そのためにデュークとの記憶が封じられていた

レックスは、アナを悲しみから救ったという

大統領はシェルターに入り守られた

しかしMERSのシェルターだった

ＧＩジョーは、マッカランの施設を攻撃

ミサイルも撃墜

マッカランとレックスは船で逃げ出した

デュークは、正気を戻したアナと追いかける

大統領の下へ「マッカランがよろしくと」

スネークアイズはストームシャドーを戦いの末に氷の中へと落とした

リップは自分を犠牲にしてナノマイトを大気圏に持って追った

その後しばらくしてパラシュートで降りてきた

マッカランは氷山を爆破

ＧＩジョーは退避

レックスはコマンダーとなり、マッカランにナノマイトを注入しデストロになる

しかしデュークが追い詰めて捕まえる

「これは始まりだ」

ナノマイトを取り出すことは不可能だった

デュークたちは次の任務へ

大統領は椅子に足を上げて上機嫌

★☆☆ＧＩジョー