めだかボックスとはめだかボックスとは、あらゆることを完璧にこなす主人公、黒神めだかが学園内でおきた問題を生徒会の仲間たちと共に解決してゆく物語。人為的に天才を作り出す「フラスコ計画」を主軸に、研究を進める学園側とその阻止を目指す生徒会、過負荷を擁する第三勢力の攻防が描かれる。超人的な能力が存在する作品でありながら、相手を更生させたり成長の手助けをすることを話の主体としている。