豪雨も上がり、午前5時半から警視庁による正式の現場検証が始まった。布施、金沢の両検事、堀崎捜査一課長、八十島監察医が立ち会っている。下山総裁は、頭部、胴体、右腕、左足、右足首の五つに切断され散乱していた。捜査一課はこの状況の詳細な見取り図を作成している。しかし、後日、国鉄側が作成した見取り図とかなりの部分で違うことが解った。しかも当然そこに無ければならないメガネ、ジッポのライター、煙草ケースなどが発見されていない。更に不自然な点が数多くある。下山総裁の遺体は頭部が粉砕され、胴体もろっ骨のほとんどが折れていたにもかかわらず、着ていた上着は切れても汚れても居なかった。一方、ワイシャツ、アンダーシャツ、下着などには油がべっとりと付着し、黒く汚れていた。更に重要な点は、斎藤綾瀬駅長などが指摘しているようにこれらすべての着衣にほとんど血液が付着していなかった。これらの事実にもかかわらず、当日監察を担当した八十島医師は「胴体に死斑が出ていないので自殺に間違いない」と断定している、流石に布施検事は納得せず、司法解剖を要請している。東大の古畑種基教授のもとで司法解剖の結果、生活反応が認められず、死後轢断と仮定される。警視庁の捜査一課と言えば殺人事件のプロである。本来ならば、このような大事件では猛烈に張り切るはずである。どう考えても、ある筋（GHQのG2）から強力な圧力がかかっていたとしか考えられないのだ。この点もケネデイ大統領暗殺事件とよく似ている。