いつもJR東日本ならびにJR東日本ホームページをご利用いただきましてありがとうございます。
このたびのご意見につきまして、以下のとおり回答させていただきます。

東京、横浜など11都市内の駅(http://www.jreast.co.jp/kippu/1104.html#08をご参照ください)とその都市内の中心駅から営業キロが201キロ以上ある駅との区間の運賃は、中心駅から(または中心駅まで)の営業キロ、運賃計算キロで計算します。
都区市内発(または着)の乗車券は、それぞれの同じゾーン内ならどの駅でも乗り始め(または降りる)ことができます。また、当該ゾーン外の駅まで乗り越しをされた場合又は当該ゾーン外の駅から乗車される場合には、ゾーン内の駅から(まで)、別途運賃を頂戴いたします。「横浜市内」までの乗車券で、新幹線新横浜を経由して逗子駅で下車される場合、ゾーンの端の「本郷台(本郷台・逗子間210円)」駅からの運賃を別途頂戴いたします。ただし、自動精算機では、システム上お客さまが新幹線・在来線いずれの経路でご利用になったのかを判別できないため、回数券等につきましてはお客さま有利に判定し、新幹線小田原経由東海道線経路で運賃計算を行い、『大船駅から160円』の運賃を表示させていただいております。
新幹線新横浜経由でお乗り越し場合は、大変恐れ入りますが窓口にて精算させていただくことになります。何卒ご理解を賜りますようお願い申し上げます。

今後も、みなさまに愛され、親しまれるJR東日本をめざしてまいりますので、引き続きご愛顧賜りますようよろしくお願い申し上げます。
                          東日本旅客鉄道株式会社