身体的には男性である性同一性障害者 (MtF-GID) は、典型的には男性を恋愛対象とするので（女性を恋愛対象とする場合もある）、それは男性同性愛のように見える。しかし、その人の性自認はあくまでも女性であり、その人の主観においては「女性として」男性を恋愛対象としている。現在は、このような性同一性障害者を「異性愛女性」と見なし、男性同性愛に含まない。また男性から女性に性別適合した性同一性障害者が、女性を恋愛対象とするならば、その人はMtFレズビアン又はレズビアンと呼ばれる。同様にして女性の性同一性障害(FtM-GID) で男性が恋愛対象のものはFtMゲイ又はゲイと呼ばれる。基本的には異性愛である者が異性を得られない環境下（戦場や刑務所、同性のみの学生寮など）で同性を恋愛とセックスの対象に選択する場合は機会的同性愛と言う、この場合除隊、釈放、卒業などにより、異性を得られる環境が回復すれば、直ちにこの同性愛傾向は消滅する。つまり、機会的同性愛は根源的な性的指向自体によるものではなく、環境において一時的に形成される性的嗜好と見なす事が出来る。半陰陽者のように、身体的・あるいは遺伝子的に異常が生じ、医学的に男性に属すとも、あるいは女性に属すとも決定できない人もいる。彼らに対して異性愛/同性愛を定義するためには、性自認か行動様式か、その場合の議論の目的によって何らかの基準を定めて便宜上の定義を与えるほかなく、そもそも「異性愛」「同性愛」というカテゴライズ自体の有意性さえ疑問が生じてくる。
そもそも性別が曖昧な人を好きになる場合（手術前のニューハーフが好きという男性など）もあるが、これは「性指向」としての同性愛とは微妙に異なるかも知れない。カトリック教会では自慰は罪とされ、『カトリック小事典』によると「自慰は生殖機能のひどい乱用であって、完全に同意して意識的に行う場合は大罪である。この行為が罪であるのは、生殖能力を作動させておいて、その自然の行為、神から定められた目的を達成させるのを妨げる点にある。（語源はラテン語manu「手によって」＋stupare「自分自身を汚す」）。」としている。
このほか、男性および女性のどちらも恒常的に恋愛や性欲の対象としない、つまり性指向を持たないという場合は無性愛（asexuality）と呼ばれ、これを性指向の中に分類することもできる。男性の視点にとらわれた既存の学問のあり方を批判し、女性の視点から問い直す研究。新しい学際的な研究分野のひとつとされる。女性、フェミニズム、ジェンダーや性をめぐる政治学などをテーマとする。しばしば女性論、女性の歴史、社会史、女性の執筆した文学、女性の健康なども扱い、社会学から思想史、文芸評論、心理学までにまたがった人文科学的、社会科学的な研究が展開される。