選択ツールはグループ化されたオブジェクトや内容を含めたオブジェクト全体を選択、ダイレクト選択ツールはその内容を選択する場合と、Illustrator同様パスをアンカー単位で編集したり、部分的に選択する場合に使います。
選択方法によって内容、フレーム、両方を選べます。
ダイレクト選択ツールを持ち、画像の上にカーソルを当てるとアイコンがてのひらに変化します。ここでクリックするとフレーム内の画像が選択されます。
この状態でコマンド＋クリックすれば親フレームを選択できます（メニュー→オブジェクト→選択→親フレームとコントロールパネル内にの内容を選択ボタンも同様です）。
内容を選択した場合はレイヤーのカラーの補色（？）、フレームはレイヤー色で表示されます。
レイヤーが赤なので、内容の境界線は水色になっています。
選択ツールでの選択はバウンディングボックスが現れます。
●ダイレクト選択で内容を選択している場合
内容のみが編集されます。フレームは変わりません。
移動すると、内容のみが移動します。
W値を指定すると内容のみ変形します。
●ダイレクト選択で親フレームを選択している場合
フレームのみが編集されます。内容は変わりません。
移動すると、フレームのみが移動します。
W値を指定するとフレームのみ変形します。内容は変わりません。
●選択ツールで選択している場合
内容とフレームが連動して編集されます。
ただし、コントロールパネルのWとH値に数値を入力しても変形されるのはフレームのみになります（ダイレクト選択時と同じ）。フレームと内容を連動して左右幅などを指定したい場合は、%値に絶対値（00mmや00ptなど）を入れてやることで回避できます（PICTRIXさんがInDesignの勉強部屋の掲示板で回答されていました）。
移動すると、内容とフレームが連動して移動します。
W値を指定するとフレームのみ変形します。内容は変わりません。これではダイレクト選択と同じです。
そこで横幅の%値に直接30mmと入力すると、
左右幅30mmに変形できました。パネルのリンクチェックを入れておけば、比率を保ったままの変形ができます。
QuarkXPressに比べてややこしいけど多機能な分、「現在選択しているものが何なのか」をきちんと把握することで、作業のロスを省けます。