Quark XPressと違い、InDesignはIllustratorのネイティブファイルを配置できます。
Adobeはこのネイティブファイルの配置を推奨しているようですが、今までIllustrator eps形式で配置していた場合は注意が必要です。
8以前はepsもAIも同じ扱いですが、Illustrator9以降はAI形式がPDFになっているため、9以降のAI形式のファイル配置の際にPDFと同様のオプション設定があります。
普段気に留めず、（オプションを開かずに）配置をしていると、リンクのはり替え時などにトラブルが起きる可能性があります。
少し検証しましたのでご紹介を。
Mac OS 10.4.9（でしたっけ、最後のタイガー）
Illustrator13.0.3
InDesign5.0.2（仕事の進行上、いまだアップデートできません）
eps形式での配置の決まりは
・マスク外、テンプレートレイヤーは無視
・テキストは100Qに対して左右25×天地30.35mmのサイズ（フォントにより変動）
・「隠す」で非表示にしたオブジェクトを認識（あれ？そうでしたっけ）
・アートボード外も表示
です。
↑AI形式の場合は読み込みオプションでオブジェクト単位にした場合、「アート」と「バウンディングボックス」があります。
↑テキストは100Q（小塚ゴシック）で25×30.35mmのサイズ。
↑eps、アート、共にlllustrator上と同サイズ（25×30.35mm）になりますが、バウンディングボックスでは44.265×43.81mmになります。
ここが重要ですが、図版などでテキストが左側か天側にあったとき、違うオプションを選択して貼り替えた場合、全く同じファイルであっても位置がずれてしまいます。
↑隠す、は非表示部分を50×50mmの正方形、表示部分をΦ30mmで作成。
↑「eps」では非表示部分が認識されています。
↑クリッピングマスクも非表示部分を50×50mmの正方形、表示部分をΦ30mmで作成。
↑「アート」はマスクサイズが認識されています。
↑テンプレートレイヤーも非表示部分を50×50mmの正方形、表示部分をΦ30mmで作成。
↑これも「アート」は非表示部分サイズが認識されています。
↑アートボード外へ50×50mmのボックスを半分出しています。
↑AI形式ではアートボード外のオブジェクトは認識しません。
とりあえずバウンディングボックスはepsに近いですが、テキストはネックですね。
どの組み合わせでもテキストが絡むとai形式とeps形式でサイズは一致しません。
eps形式で配置していたものをAI形式にして再リンク、または、その逆の場合などは注意が必要です。
＜2012.10.20追記＞
検証時はCS3でしたが、CS5.5の読み込みオプションを見ると、バウンディングボックスが境界線ボックスに訳されてました。この業界だと逆にわかりづらい気もしますが…。それはどうでもいいですけど、非表示レイヤー無視と全レイヤーを選択できるようになったようです。
↑CS3
↑CS5.5