各神社ではどうやって処理をしているのでしょうか？
たいへん気になります．
昭和六十二年に発効された
法律第四十二号「通貨の単位及び貨幣の発行等に関する法律」の第7条によると
（法貨としての通用限度）について記述があり，
第七条 貨幣は、額面価格の二十倍までを限り、法貨として通用する。
間違いなく額面価格の二十倍までは法貨として通用されるようです．
それ以上は各店舗の「善意」と受け止めるべきですね！
(断られても仕方がない)
普段は最寄りの金融機関窓口で100枚の硬貨を入金しています．
多くの金融機関で100枚までは手数料無料で
窓口の取り扱いを行っていただけるようです．