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東京地検特捜部に批判的な立場からは、東京地検特捜部が連合国軍による占領下で、旧日本軍が貯蔵していた隠退蔵物資を摘発してGHQの管理下に置くことを目的に設置された「隠匿退蔵物資事件捜査部」としてスタートした経緯や特捜部エリートに在アメリカ大使館の一等書記官経験者が多いことから、「アメリカの影響を受けている」とする見方がある。また、捜査対象が歴史的に木曜クラブの流れを汲む平成研究会系列(田中派―竹下派―小渕派―橋本派―津島派)の政治家に集中する一方で、清和政策研究会系列(福田派―安倍派―森派―町村派)の政治家は多くが免れていることから、「捜査対象が偏っているのではないか?」という指摘がある。