درمان زگیل تناسلی رابطه مستقیمی با تعداد زگیل ها، شکل و محل آنها دارد. هدف از درمان برداشتن زگیل ها و متوقف نمودن بیماری است. البته بر اساس نظر پزشکان برای این عارضه درمان قطعی و %100 وجود ندارد و ممکن است پس درمان دوباره بیماری عود نماید. میزان موفقیت در درمان هم تحت تاثیر فاکتورهای متعددی از قبیل روش انتخابی برای درمان، ابعاد و نوع زگیل و واکنشی که سیستم ایمنی بدن در برابر ویروس نشان خواهد داد، بستگی دارد. در برخی مواقع نیاز به درمان احساس نمی شود ولی در مواقعی که نیاز به درمان احساس گردد، اکثرا سریع جواب خواهید گرفت