改めて、やり直すことにしました

コード

import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
import sys

K = 3 # クラスターの数（固定）

def scale(X):
# 属性の数（=列の数）
col = X.shape[1]

    # 属性ごとに平均値と標準偏差を計算
    mu = np.mean(X, axis=0)
    sigma = np.std(X, axis=0)

    # 属性ごとデータを標準化
    for i in range(col):
        X[:,i] = (X[:,i] - mu[i]) / sigma[i]

return X

def J(X, mean, r):
summation = 0.0
    for n in range(len(X)):
        temp = 0.0
        for k in range(K):
            temp += r[n, k] * np.linalg.norm(X[n] - mean[k]) ** 2
        summation += temp
    return summation

if __name__ == "__main__":
    # 訓練データをロード
    data = np.genfromtxt("data3.txt")
    X = data[:, 0:2]
    X = scale(X)
    N = len(X)

# 訓練データから平均とクラスタ割当変数rをEMアルゴリズムで推定する

# 平均を初期化
mean = np.random.rand(K, 2)

    # クラスタ割当変数の配列を用意
    r = np.zeros( (N, K) )
    r[:, 0] = 1

# 目的関数の初期値を計算
target = J(X, mean, r)

    turn = 0
    while True:
        print(turn, target)

        # E-step : 現在のパラメータmeanを使って、クラスタ割当変数rを計算
        for n in range(N):
            idx = -1
            minimum = sys.maxsize
            for k in range(K):
                temp = np.linalg.norm(X[n] - mean[k]) ** 2
                if temp < minimum:
                    idx = k
                    minimum = temp
            for k in range(K):
                r[n, k] = 1 if k == idx else 0

        # M-step : 現在のクラスタ割当変数rを用いてパラメータmeanを更新
        for k in range(K):
            numerator = 0.0
            denominator = 0.0
            for n in range(N):
                numerator += r[n, k] * X[n]
                denominator += r[n, k]
            mean[k] = numerator / denominator

        # 収束判定
        new_target = J(X, mean, r)
        diff = target - new_target
        if diff < 0.01:
            break
        target = new_target
        turn += 1

    # 訓練データを描画
    color = ['c', 'b', 'g', 'r', 'y', 'm', 'k', 'w'] # K < 8までを用意
    for n in range(N):
        for k in range(K):
            if r[n, k] == 1:
                c = color[k]
        plt.plot(X[n,0], X[n,1],
                 marker='o',
                 markerfacecolor=c, markeredgecolor='k',
                 markersize=6, alpha=0.5, linestyle='none')
    # クラスタの平均を描画
    for k in range(K):
         plt.plot(mean[k, 0], mean[k, 1], marker='*',
                 markerfacecolor='r', markersize=30,
                 markeredgecolor='k', markeredgewidth=1)
    plt.xlim(-3, 3)
    plt.ylim(-3, 3)
    plt.show()

先のプログラム手こずったので