2005年5月にMLB機構が翌年3月に野球の世界大会を開催することを発表。7月12日にMLBオールスターゲーム開催地のデトロイトで、参加が確定していなかった日本とキューバを除く14ヶ国の代表が出席して開催発表記者会見が行われ、大会の正式名称“World Baseball Classic ”が発表された。
当初、日本（NPB）はMLB側の一方的な開催通告やMLB中心の利益配分に反発し、参加を保留。日本プロ野球選手会も開催時期の問題から参加に反対し、2005年7月22日の選手会総会で不参加を決議した。しかし、MLB機構は参加を保留するNPBに対し、改めて参加を要求し、もし日本の不参加によりWBCが失敗に終わった場合、日本に経済的補償を要求することを通達。更に、WBCへの不参加は「日本の国際的な孤立を招くだろう」と警告した。これを受けて、日本プロ野球選手会は不参加の方針を撤回。最終的に9月16日に選手会の古田敦也会長がNPB機構に参加の意向を伝え、日本の参加が決まった。
16の参加国・地域を4チームずつ4組に分け、それぞれの地域で1次リーグを戦う。さらに各組の上位2チーム、合計8チームが4チームずつの2つのリーグに分かれてアメリカで2次リーグを戦い、それぞれのリーグの上位2チームが決勝トーナメントに進出。その4チームで準決勝、決勝を行い優勝を決める。3位決定戦は行われず準決勝敗退の2チームが3位。
投手に関しては、投球数制限などが設けられている。第1回大会では、投球数は1次リーグが65球、2次リーグが80球、準決勝と決勝は95球に制限。第2回大会では1次リーグが70球、2次リーグが85球、準決勝と決勝は100球に制限。
どの国に属するかはオリンピック憲章のように明確には決められておらず、アレックス・ロドリゲスなど複数国で代表資格を持つ選手が多い。
選手は下記のいずれかに該当する場合、各代表チームへの出場資格を持つ。
当該国の国籍を持っている。
当該国の永住資格を持っている。
当該国で出生している。
親のどちらかが当該国の国籍を持っている。
親のどちらかが当該国で出生している。
主催者側は公式に発表していないが、2006年大会では、収益が出た場合、その47%が賞金に、53%が各組織に分配され、大会収益が出ない場合はMLBが赤字分を負担することになっていたという。なお、賞金の内訳は、優勝チームが10%、準優勝チームが7%、準決勝敗退の2チームが5%、2次リーグ敗退の4チームが3%、1次リーグ敗退の8チームが1%である。また、各組織の内訳は、大リーグ機構（MLB）が17.5%、大リーグ選手会が17.5%、日本野球機構(NPB)が7%、韓国野球委員会と国際野球連盟が5%、その他が1%という順とされている[13][14][15]。2009年も主催者からの公式発表はないが、MLBと大リーグ選手会が66%、NPBが13%