開始直後にチェーンの概念が誕生し、ルールが整えられた。
速攻魔法が誕生。
魔法・罠カードにアイコンが導入され、永続魔法等の種類判別が分かりやすくなった。
トゥーンやスピリットといった一定の共通テキストを持つ特殊な効果モンスター群も登場。
デッキジャンルは【スタンダード】や【トマハン】といった、強力な制限カードを駆使したデッキほぼ一色。
終盤ではそれらに《八汰烏》や《悪夢の蜃気楼》が加わり、その立場は揺ぎ無いものとなった。
そんな中で《生還の宝札》を用いた幾つかの1ターンキルも目立った。→【宝札エクゾディア】
また、この時期には4種のストラクチャーデッキが登場しており、《サンダー・ボルト》・《天使の施し》等の必須カードが入手しやすくなった。
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