歴史には、当時目的や内容が隠蔽されており、一時期陰謀論として扱われた後に、背景や事実関係の詳細が明らかとなり陰謀であると認識されるようになった事件がある。
南満州鉄道爆破事件
1931年に発生した、南満州鉄道爆破事件。柳条湖事件とも呼ばれる。
トンキン湾事件
詳細は「トンキン湾事件」を参照ベトナム戦争において、アメリカの駆逐艦が北ベトナムにより攻撃を受けたとされる事件。
坂本弁護士一家殺害事件
詳細は「坂本弁護士一家殺害事件」を参照事件当初からオウム真理教犯行説が唱えられていたが、1995年の一連の強制捜査まで未解決であった。
松本サリン事件
詳細は「松本サリン事件」を参照同事件は、発生直後から近所の農薬所有者が嫌疑をかけられた。長野県警により連日にわたって聴取され、マスコミもこの人物が犯人であるかの様な報道を繰り返した。
日本人拉致問題
詳細は「北朝鮮による日本人拉致問題」を参照1970年代に日本海沿岸などで日本人が行方不明になる事件が多発していた。当初から北朝鮮による犯行との噂があったにもかかわらず、1988年の大韓航空機爆破事件後に日本政府が拉致問題の存在を公式に認めるまでは、荒唐無稽な陰謀論だとしてまともに扱われなかった。最終的に北朝鮮政府が拉致を行ったことを認めたのは、2002年平壌で行われた当時自民党政権下の小泉首相による日朝首脳会談においてである。
ロッジP2事件
イタリアでアンブロシアーノ銀行頭取ロベルト・カルヴィの不審死から明らかになった、フリーメイソンロッジP2によるイタリア政府転覆計画。フリーメイソンが様々な陰謀を行っていると言う噂は常に流れているが、事実として明るみに出た稀有な例。このためP2は上位のグランドロッジから解散処分を受けた[81]。
エシュロン
詳細は「エシュロン」および「PRISM (監視プログラム)」を参照軍事、安全保障を目的に、世界中の電話、ファックス、電子メール等を盗聴するネットワーク。アメリカ国家安全保障局 が主導となり運営している。冷戦時代に対ソ連戦略の一環として設立。
CIAの麻薬ビジネス関与
アメリカ中央情報局は冷戦期の1950年代、中華民国と結んで、中国共産党を打倒する「秘密の戦争」の一環として「黄金の三角地帯」で麻薬生産に関与。これによって得た資金を反共団体に供給していた。こうした秘密工作はレーガン政権当時まで続けられていたという[82]。
- その他のCIAによる陰謀については中央情報局#CIAが主導ないし関与したとされる作戦・事件を参照
アメリカ路面電車スキャンダル
ゼネラルモーターズ、ファイアストン、シェブロン、フィリップス石油（Phillips Petroleum Company、後のコノコフィリップス）などによって設立されたナショナル・シティ・ラインズ社（NCL: National City Lines）によって20世紀中ごろにアメリカ合衆国中の路面電車網が買収され、廃止されてバスに置き換えられたとする陰謀論。（アメリカ路面電車スキャンダル）
ロジャー・スクルートン問題
WHOの反たばこキャンペーンを批判する見返りとして、日本たばこ産業がロジャー・スクルートンに月間4500ポンドを支払っていたことが2002年に判明。ロジャー・スクルートンが毎週連載していたコラムは中止となった。詳細はロジャー・スクルートン参照。
禁煙条例に対する組織投票問題
 |
この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（2010年8月） |
神奈川県が、2006年12月27日〜2007年1月26日にかけてインターネット上で実施した、『条例で公共の場所の喫煙を規制すること』についてのアンケートに対し、社員などにアンケートで『反対』の投票をするよう依頼していたことが判明した。日本たばこ産業(JT)は、「条例が成立すれば、ほかの自治体に波及する恐れがあった」としている。アンケート結果から賛成票が多数を占めたとされるが、締め切り前になって反対票が上回る事態となった。これについてJTは、「条例反対はあくまでわが社のスタンス」と述べた。この件を受け、神奈川県はアンケートを無作為抽出・郵送方式でやり直し、2007年12月12日に結果が発表された。再アンケートの結果は賛成票が88.5%を占めた[83]。
在日米軍に関する密約
詳細は「西山事件」および「在日米軍裁判権放棄密約事件」を参照在日米軍については、非核三原則の適用除外、将兵の裁判権はアメリカ側が優越し且つ公務中の過失に原因するものであれば外交官同様に免罪される事、沖縄返還などに関して日米政府間の密約があることが囁かれていた。
砂川事件
詳細は「砂川事件」を参照日本国とアメリカ合衆国との間の安全保障条約を「日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約」に改定する為の協議が進むなか、砂川事件に関連して在日米軍を違憲とする判決が言い渡された（伊達判決）。これに対して、検察は極めて異例な跳躍上告を行い、最高裁は新条約締結の1カ月前に逆転判決を出した。これらのことから、検察と最高裁への政治的圧力が疑われた。
ウォー・ギルト・インフォメーション・プログラム
詳細は「ウォー・ギルト・インフォメーション・プログラム」を参照太平洋戦争後に日本を統治した連合国軍最高司令官総司令部(GHQ)が、“ウォー・ギルト・インフォメーション・プログラム”すなわち「戦争についての罪悪感を日本人の心に植えつけるための宣伝計画」に基づき、情報・教育面からの洗脳工作を行なったとされている。文芸評論家の江藤淳が著書『閉された言語空間』において言及し、 2015年4月に近現代史研究家の関野通夫によって、「ウォー・ギルト・インフォメーション・プログラム」と題された公文書が明星大学の戦後教育史研究センターから発掘された[84][85]。