さて、皆さん、ここからが本当のインボイス制度の問題点です。
どうぞ、じっくりと御覧下さい。
事業者への負担増
インボイス制度の開始は、日本国内の事業者たちの税負担の増加と、従来の帳簿方式に比べて事務手続きが煩雑になるなどの弊害が指摘されている。これは軽減税率導入時より指摘されており、日本経済団体連合会、日本商工会議所、経済同友会、日本百貨店協会、日本チェーンストア協会、日本スーパーマーケット協会、全国商工会連合会、全国中小企業団体中央会、全国商店街振興組合連合会、ならびに日本労働組合総連合会（連合）は軽減税率に反対し、単一税率を維持すべきであるとの主張を行っている。
フリーランスや自営業者、声優などの人たちは、全国各地でインボイス制度に対する反対運動を起こし、政府の導入決定に対し反対声明を出した。
日本出版者協議会、日本アニメーター・演出協会、日本ＳＦ作家クラブ等の団体も反対声明を出し、「3万円以下の少額取引にも適格請求書等が必要となり、これは、アニメーターや演出などアニメ制作者のみならず、制作会社にとっても新たに相当の事務負担が発生する」とインボイス制度の導入を批判した。
弁護士、税理士、司法書士の3青年団体は、制度の廃止を求める緊急記者会見を開き、「事業者の負担だけでなく、それが消費者や労働者に転嫁されるおそれがあり、社会への悪影響が懸念される」などとして、法律や税の実務を担う立場から、インボイス制度の反対を強く表明した。
適格請求書(インボイス)
インボイス制度の導入に伴い、課税事業者が消費税の仕入税額控除を行うために適格請求書（インボイス）が必要になる。
また、課税事業者が年間の売り上げが1000万円以下の免税事業者と取引を行う場合、仕入税額控除が適用されないため、消費税をより多く納入することになる。
このため、免税事業者は取引を断られたり、新規の取引が困難になる可能性がある。
適格請求書等保存方式において、免税事業者は適格請求書を発行することができないため、仕入税額控除の適用を受けようとする事業者は取引先として免税事業者より課税事業者（適格請求書発行事業者）を進んで選ぶと考えられる。
一方で、免税事業者を理由として選ばれなくなることを回避するために、適格請求書発行事業者として登録すれば、その事業者は本来であれば免税とされるはずの小規模事業者であっても課税事業者となることを選択せざるを得なくなる。
免税事業者が税務署に登録して、課税事業者になると、売上に対する消費税分に応じた消費税の納入義務が生じ、大幅な税負担の増加が生じる。
「原則課税」を採用した場合、売上に対する消費税額から仕入等にかかる消費税を控除した額を納入する。
消費税の課税方法には「簡易課税」と「2割特例」もあり、簡易課税の場合は「みなし仕入率」を仕入れにかかる消費税額として差し引くことができる。
「2割特例」は売上税額の2割のみを納入するが、2026年（令和8年）9月30日にまでの特例に過ぎない。
適格請求書発行事業者・仕入税額控除を行う事業者は、適格請求書の保管をはじめとして、登録番号の確認、課税・非課税・不課税の判断、標準税率適用・軽減税率適用の判断などを行わねばならず、税務当局においても、登録番号の付与・管理を行うという事務負担が新たに生じることとなる。
すでに、個人事業主が取引先から登録手続きを行うように圧力を掛けられる事例が多数報告されている。
公正取引委員会は、下請け事業者に課税事業者になるように強制したりすることは、独占禁止法違反や下請法違反に該当する可能性があることを警告している。
インボイス制度のまとめ
ここまで見て分かったように、インボイス制度には、色々な欠陥があります。
でも、これだけではありません。
次は、もっとややこしいのを御覧頂きます。