「何を悩んでいるの?」は英語でどう言いますでしょうか?

 

ネイティブがよく使う表現は "What's on your mind?" です。

 

例:You look worried. What's on your mind?

 

他のよく使う表現は "What's bothering you?" とか "What's troubling you?" ですが、 "What's on your mind?"が一番よく使われていると思います。