前１３０年にプトレマイオス８世はエジプトに戻り
クレオパトラ２世はやむをえず
身の安全を期してシリアへと逃げた
奇妙なことに、６年後に彼女はエジプトへと帰還し
弟の和解した
そして、短い期間であったものの
クレオパトラ２世と娘のクレオパトラ３世
この親子の夫プトレマイオス８世はふたたび
３人の気詰まりな同居生活へと入り
エジプトを共同統治した
しかし、クレオパトラ２世は、前述のように
しだいに神性を増す娘を自分の上位につけることはなかった
プトレマイオス８世は前１１６年に没し
数ヶ月後にクレオパトラ２世も亡くなると
クレオパトラ３世は息子２人（プトレマイオス９世、１０世）
のために共同統治者を務めることになった
彼女の亡き夫は奇妙な遺言を残していた
現代人にはどうにも理解に苦しむ遺言の内容は
２人の息子のうち王位継承者をクレオパトラ３世に
決めさせるというものだった
母子３人のぎくしゃくした共同統治が始まったが
最初は弟１０世が、ついで兄９世が
母殺しの陰謀を企んだことを告発されて、国外へ逃亡した
母は終始、弟１０世をひいきにしていたので
この告発は捏造だった可能性が高い
こうしてクレオパトラ３世とプトレマイオス１０世は
２人でエジプトを統治し、この共同統治時代は
前１０１年にクレオパトラ３世が６０歳で亡くなるまで続いた
クレオパトラ３世はほぼまちがいなく
お気に入りの息子に殺されたと考えられている