錬金術、それは「等価交換」の原則のもと、物質を理解、分解、
そして再構築する、この世界で最先端の学術である。
この錬金術において、最大の“禁忌”とされるもの「人体錬成」。
亡き母親を想うがゆえ、禁忌を侵し、全てを失った幼き兄弟。
巨大な鎧に魂を定着された弟、アルフォンス・エルリック。
機械鎧（オートメイル）をまとい、「鋼の錬金術師」の名を背負った兄、
エドワード・エルリック。
二人は失ったものを取り戻すため、「賢者の石」を探す旅に出る。
兄弟は「賢者の石」の真実に近づくにつれ、大きな陰謀の渦中へと突き
進んでいく。
暗躍する人ならざる者たちの存在。
徐々にその本性をむき出しにする軍事国家アメストリス。
虐げられた民の果て無き憎しみと復讐の念。
錬金術がもたらす幾多の悲劇。
点在する悲劇は、やがて線になり、人を、民を、そして国すらをも巻き
込んでいく。
兄弟は絶望と希望の狭間の中、それでも前に進む--。
どこかの村の祭り。それを見つめるホーエンハイムに一人の若い女が酒を持ってやってくる。彼女の名前はピナコ・ロックベル。酒を飲みながらピナコはホーエンハイムと、この国の在り方やエドたちの旅路について話し出す。祭りもたけなわとなった頃、ホーエンハイムの前に現れる一人の少女。そしてホーエンハイムそっくりの男の存在。彼らを取り巻く世界がおかしく歪んでいき…。
鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMEMIST 全話 動画
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“お父様”に会うため、グラトニーと共にホムンクルス達のアジトへ向かうアルとシャオメイ。途中、シャオメイを探すメイとスカーも、彼らの後を追い地下へと潜入する。一方、グラトニーの腹の中で、真の姿を現したエンヴィーと戦うエドとリンだったが、エンヴィーの体を構成する人々の姿を見たエドは攻撃をためらい、倒されてしまう。そのままエンヴィーに飲み込まれゆくエド。だがその途上、朦朧とする意識の中でクセルクセス遺跡にあった錬成陣を思い出したエドは、グラトニーの腹から脱出する方法を思いつく。
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グラトニーに飲み込まれてしまったエド。気づいた所は、果てしな
い血の海と暗闇が広がる不思議な空間であった。なんとかリンと再会するも、脱出の手がかりはなく途方にくれる。やがて彼らは、一緒に飲み込まれたエンヴィーとも再会。エンヴィーはエドたちに、ここがグラトニーの腹の中であり、“お父様”が作った真理の扉の失敗作である事を教え、入ったら最後、二度と出る事はできないと告げるのだった。
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ホムンクルスのアジトに捕らわれの身のマルコー。
彼はホムンクルス達の目的が、アメストリス国民全てを巻き込んだ「国土錬成陣」の構築にあると考える。一方、暴走したグラトニーを止めようとするエド、アル、リンだったが、見境無くすべてを“飲み込む”グラトニーに成す術がない。そのうえ戦いの最中、リンは異様な気配に気づくのだった。
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ホムンクルスを捕らえるため、傷心のウィンリィを軍に託し、再びスカーとの戦いに赴くエドとアル。そしてそんなエドたちと共闘するロイやホークアイらも現場へと動き出す。その頃、ランファンを抱えながら、何とか逃げ覆そうとブラッドレイと熾烈な戦いを繰り広げるリン。だが目先の危機を脱しても、ブラッドレイの命で動くグラトニーにより、次第に逃げ場のない場所へと追い詰められていく。自分がリンの足を引っ張っていると感じたランファンはなんと自らに刃を差し向けた…。
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ブラッドレイに斬られたランファン。すぐさまリンが助けに入るが、彼もまたブラッドレイやグラトニーに追い詰められてしまう。一方グレイシアと共にヒューズの墓参りに行ったウィンリィは、その帰り道、エドとアルがスカーと戦っている事を知る。急ぎ現場へと向かうウィンリィだったが、そこで彼女は偶然、スカーこそ自分の両親を殺した犯人であるという事実を耳にしてしまう。
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ラストの一件で入院するロイとハボックのもとへ見舞いに訪れたエドとアル。
そこで彼らは、ホムンクルスたちの根城と予想される範囲の一部に、大総統官邸が入っている事を知る。自分たちが相対している存在の巨大さに戦慄する一同。やがてホムンクルスらの秘密を探る兄弟の元に、スカーがセントラルへ現れたとの情報がもたらされる。
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エドとアルの父ヴァン・ホーエンハイムが久方ぶりにリゼンブールへ戻ってきた。だが母トリシャに多大な苦労をかけた彼に、エドは憎悪の感情を隠さない。エドたちが人体錬成を行ったことを知ったホーエンハイムは「それは本当にトリシャだったのか」と疑問を残す。翌日ホーエンハイムが村を去った後、エドはピナコと共にかつての自宅跡へと向かう。目的は、そこに埋葬された自らの罪の証―人体錬成によって作られた母の遺体を掘り起こすことだった。
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ホムンクルス達に仕掛けたロイの作戦が大詰めを迎えた。自らの肉体を探すバリーを追って、ハボックやアルと共に第三研究所の地下へと潜入するロイたち。二手に分かれ進んだ先でハボックとロイは、彼らを始末しにきたラストと遭遇する。初めて明かされるホムンクルスの正体と秘密。戸惑いながらもロイは咄嗟の機転で大爆発を起こし、ラストを木端微塵に吹き飛ばす。だが賢者の石の力は凄まじく、一瞬の隙を突き復活したラストの矛がハボックとロイの体を鋭く貫いた。
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ロイの命令で、セントラルにアルを残し、アームストロングと共にリゼンブールへ向かったエド。ところが到着早々、ブレダの手引きでなんと秘密裏に伝説の王都・クセルクセス遺跡へと旅立つことに。大砂漠を越えなんとか到着した遺跡にてエドはフーとも再会、彼の案内で遺跡奥深くに向かったエドたちは、そこで思いがけない人物と遭遇する。
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